如何可视化生成的 RNA 二级结构答案

【问题标题】：How to visualize generated RNA secondary structure如何可视化生成的 RNA 二级结构
【发布时间】：2011-10-28 16:11:12
【问题描述】：

我正在开发一种可视化 RNA 二级结构的工具，为此我实现了 Nussinov 算法，该算法将 RNA 二级结构生成为带有相应索引的列表，代码可以在这里找到 [0]

[0]http://dpaste.com/596262/

但我真的坚持理解我应该如何可视化它（作为平面图），上面的代码给了我一个二级结构的顺序列表，所以有人可以建议我如何可视化这个结构。An可以在此处找到此类工具的示例 [1]

[1]http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi

而且我知道有更好的算法，但现在我只想用它来可视化，一旦我理解了可视化，我会寻求更好的算法。

【问题讨论】：

抱歉，我没有任何生物信息学背景，也不了解您的算法是做什么的。所以请说明你真正要可视化的数据是点列表、抽象标签列表还是它是什么？
您也可以在 biostar 上提问：biostar.stackexchange.com
您还在寻找这个问题的答案吗？所有发布的答案看起来都不错，那么您还需要更多吗？我在罗切斯特大学从事 RNAstructure 项目，可以向您指出我们用于 RNA 二级结构 2D 视觉布局的代码。代码是 GPL。

标签： opengl visualization data-visualization bioinformatics

【解决方案1】：

你可以用 jmol 做到这一点。 Jmol 允许您使用其 java 将任意键/原子添加到坐标空间，或者我也相信它的 javascript api。

通常，PDB 文件格式当然会用于此类数据。

【讨论】：

【解决方案2】：

RNAviz 很旧，但仍然很常用。 JalView 显然应该通过去年的 GSoC 项目获得 RNA 二级结构渲染，但我不确定该项目的状态。

【讨论】：

【解决方案3】：

通过算法可视化 RNA 的二级结构（或任何图形）是一个难题。您需要注意尽可能少的重叠，同时保持一致的链接长度。正如其他答案所指出的那样，您已经可以使用许多现有的实现。我将添加另一个非常易于使用且无需下载的软件：

forna - nibiru.tbi.univie.ac.at/forna

这里只需要输入一个点括号字符串：

>molecule_name
CGCUUCAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUGAAGUG
((((((((((..((((((.........))))))......).((((((.......))))))..)))))))))

这将为您提供如下所示的可视化：

这是使用 ViennaRNA RNAplot 程序和 d3 的力导向图算法的组合计算得出的。

【讨论】：