使用 bash 或 awk 按特定方案重新排序文本文件行答案

【问题标题】：Reorder text file lines by a specific scheme with bash or awk使用 bash 或 awk 按特定方案重新排序文本文件行
【发布时间】：2018-07-25 02:22:09
【问题描述】：

我需要弄清楚如何在 bash 中重新排序一个文本文件，该文件是由另一个脚本制作的，由许多具有特定方案的行组成。这是其中的 12 个。

>NODE_3
nucleotide_cov: 170.3683
GC_CONT: 37.00
>NODE_18
nucleotide_cov: 168.8670
GC_CONT: 37.00
>NODE_23
nucleotide_cov: 178.0648
GC_CONT: 35.00
>NODE_41
nucleotide_cov: 174.4054
GC_CONT: 36.00

需要的输出是：

GC_CONT: 37.00  nucleotide_cov: 170.3683    >NODE_3
GC_CONT: 37.00  nucleotide_cov: 168.8670    >NODE_18
GC_CONT: 35.00  nucleotide_cov: 178.0648    >NODE_23
GC_CONT: 36.00  nucleotide_cov: 174.4054    >NODE_41

每一列都被制表符分割，所以“\t”和GC_CONT需要是它们的第一个值。首选 awk 解决方案。

编辑

我会尽量说清楚。这是使用

的输出文件

awk 'NR%3{printf "%s ",$0;next;}1' input.txt 

>NODE_3 nucleotide_cov: 170.3683 GC_CONT: 37.00
>NODE_18 nucleotide_cov: 168.8670 GC_CONT: 37.00
>NODE_23 nucleotide_cov: 178.0648 GC_CONT: 35.00
>NODE_41 nucleotide_cov: 174.4054 GC_CONT: 36.00

很好，但我需要格式化它们以便在每一行的开头都有“GC_CONT：”。

【问题讨论】：

我不明白你的意思是“每列都由制表符分隔，所以“\t”和 GC_CONT 必须是它们的第一个值。”
@PierreFrançois 查看问题更新

标签： bash awk sed grep sh

【解决方案1】：

选择你喜欢的：

简单的awk单行：

awk '/^>/{ n=NR; r=$0; next }{ r=$0 OFS r; if (NR-n==2) print r }' OFS='\t' input.txt

或awk解决严格的行序：

awk '/^>/{ r1=$0; n=NR }
     n{ if (NR == n+1) r2=$0; else if (NR == n+2) print $0, r2, r1 }' OFS='\t' input.txt

输出：

GC_CONT: 37.00  nucleotide_cov: 170.3683    >NODE_3
GC_CONT: 37.00  nucleotide_cov: 168.8670    >NODE_18
GC_CONT: 35.00  nucleotide_cov: 178.0648    >NODE_23
GC_CONT: 36.00  nucleotide_cov: 174.4054    >NODE_41

【讨论】：

正常工作。谢谢！您能否解释一下，在代码中，每一行如何被标识为“line 1”、“line 2”和“line 3”？因为最后一部分，即印刷部分，流畅且易于理解。
@Shred，欢迎。 print $0, r2, r1 表示：打印当前记录$0（即第3行），第二行r2和第一行r1。另外，检查我的单线

【解决方案2】：

试试这个 awk 脚本：

/^>/    {node=$0}
/^nucl/ {nucl=$0}
/^GC/   {print $0 "\t" nucl "\t" node}

或者，从命令行：

awk '/^>/{node=$0} /^nucl/{nucl=$0} /^GC/{print $0 "\t" nucl "\t" node}' input_file

【讨论】：

我也是，但@RomanPerekhrest 的回答更快更详细，因为他还提供了输出样本，这意味着他真的了解我在寻找什么。你的那个更干净，更容易理解，谢谢。
@Shred：好的，没问题，但如果您将接受的解决方案授予 RomanPerekhrest，也将不胜感激。
@Shred：没问题。谢谢。

【解决方案3】：

仅供参考，标记为sed：

sed -r '/^>/{N;N;s/(.*)\n(.*)\n(.*)/\3\t\2\t\1/g}'

【讨论】：

Sed 在计算方面是一个非常糟糕的解决方案。
那你为什么要标记？

【解决方案4】：

这可能对你有用（GNU sed）：

sed -r ':a;N;/\n>/!s/(.*)\n(.*)/\2\t\1/;ta;P;D' file

收集记录所需的行，交换行并用制表符替换换行符。

【讨论】：

如下所述，这里的 sed 解决方案很糟糕。