如何在 R v3.5.1 中安装“org.Hs.eg.db”包？答案

【问题标题】：How to install "org.Hs.eg.db" package in R v3.5.1?如何在 R v3.5.1 中安装“org.Hs.eg.db”包？
【发布时间】：2018-12-22 19:21:16
【问题描述】：

我刚刚安装了最新的 R 版本 3.5.1，并尝试安装“org.Hs.eg.db”包。但是当我运行代码时收到此错误：

> install.packages("org.Hs.eg.db")
Installing package into 'C:/Users/ashley/Documents/R/win-library/3.5'
(as 'lib' is unspecified)
Warning in install.packages :
  package 'org.Hs.eg.db' is not available (for R version 3.5.1)

有人知道这是怎么回事吗？

我能够在旧 R 版本 3.5.0 中安装“org.Hs.eg.db”包。

非常感谢。

阿什莉。

【问题讨论】：

你试过这些installation instructions吗？
@juzraai：谢谢。我尝试了安装，它可以工作。
不客气！ :) 我将它作为答案添加了一些附加信息。

标签： r version bioconductor install.packages

【解决方案1】：

您可以使用以下说明：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

基于this链接

【讨论】：

【解决方案2】：

org.Hs.eg.db 是一个 Bioconductor 包，从错误消息来看，这个包似乎没有包含在 R 搜索的默认存储库中。

Bioconductor 的 install guide 说您应该使用他们提供的脚本来安装软件包：

使用 biocLite.R 脚本安装 Bioconductor 软件包。

包的install guide 列出了安装org.Hs.eg.db 包所需的确切命令：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("org.Hs.eg.db")

【讨论】：

BiocManager::install("org.Hs.eg.db") 也可以