rJava、mac 10.12.6 和 Java v 9（R 版本 3.4.1）的问题答案

【问题标题】：Issue with rJava, mac 10.12.6 and Java v 9 (R version 3.4.1)rJava、mac 10.12.6 和 Java v 9（R 版本 3.4.1）的问题
【发布时间】：2018-03-07 00:34:52
【问题描述】：

我在安装和加载 rJava 时仍然遇到问题。我有 R 3.4.1（'单蜡烛'）； Java v 9 和 mac OS 10.12.6。

我遵循here 列出的所有步骤，包括使用终端编辑我的 ~/.profile 以包括：

导出 JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 9)

导出 PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

并进行其他更改以将 R 连接到“正确的”Java。当我跑步时

sudo R CMD javareconf

但是，我收到一条错误消息：

警告：“JNI_CreateJavaVM”已弃用 [-Wdeprecated-declarations] JNI_CreateJavaVM(0, 0, 0); ^ /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers/jni.h:1937:1：注意： “JNI_CreateJavaVM”已在此处明确标记为已弃用 JNI_CreateJavaVM(JavaVM **pvm, void **penv, void *args); ^ 生成了 1 个警告。

当我跑步时

R CMD INSTALL rJava_0.9-8.tar.gz

一切都很顺利，直到我收到一条错误消息：

检查是否可以编译 JNI 程序... configure: error: Cannot compile a simple JNI program.有关详细信息，请参阅 config.log。

确保您已在 R 中安装并正确注册了 Java 开发工具包。如果有疑问，请以 root 身份重新运行“R CMD javareconf”。

错误：“rJava”包配置失败

来自上面链接的站点的 Michal 建议确保“/usr/libexec/java_home -v 9”“指向”JDK 而不是 JRE。我不知道该怎么做。另外，当我尝试类似：

回显 $JAVA_HOME

我明白了：

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Home

我怎么知道这个 JDK 还是 JRE？

由于我的错误消息，我认为我遇到了 JNI 问题，但我不确定如何着手处理该问题。任何关于使用 Michal 的教程可能出错的见解将不胜感激！

附：我最初的问题是在 R 中，尝试加载库（rJava）并收到此错误：

错误：“rJava”的包或命名空间加载失败： .onLoad 在“rJava”的 loadNamespace() 中失败，详细信息：调用：dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 错误：无法加载共享对象'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so'： dlopen（/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6）：库未加载：@rpath/libjvm.dylib 引用自：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so 原因：找不到图片

【问题讨论】：

标签： java r macos rjava

【解决方案1】：

您可以执行以下操作来测试您的 Java 9 是否为 JDK。执行以下操作：

> git clone https://github.com/mkowsiak/jnicookbook.git
> cd jnicookbook/recipes/recipeNo001
> export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 9)
> export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
> make
> make test

如果你看到

Hello world!

最后，这意味着你的 JDK 可以编译 JNI 代码。现在，如果它有效，则意味着 rJava 仍在使用不正确的 Java 安装（例如来自 Apple 的一个）。在这种情况下，您需要查看 rJava 的错误日志以确保其中使用了哪些内容。

我希望这至少对你有一点帮助。

【讨论】：

非常感谢，非常感谢！当我运行这个时，我得到了这个错误：/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Home/bin/java -Djava.library.path=:./lib -cp target recipeNo001.HelloWorld 错误：可以找不到或加载主类 recipeNo001.HelloWorld 原因：java.lang.ClassNotFoundException：recipeNo001.HelloWorld 制作：*** [测试] 错误 1 - 关于这意味着什么的任何建议？ O.o
确保在运行“make test”之前调用：“make” - 我错过了将这一步放在说明中:(
我也遇到了同样的问题。通过@mko 的建议，我检查了 JDK 是否可以编译 JNI 代码，但现在的问题是如何让 rJava 使用正确的 Java 安装？
看看这里很好：cran.cnr.berkeley.edu/bin/macosx/tools 这里的问题是 R3.4 使用了支持 OpenMP 的新 clang。您可能还必须正确设置 Clang 设置 :( 通常，R3.4 + macOS + rJava 可能需要相当多的努力 :(

【解决方案2】：

我关注了这个link，特别是：

管理员帐户用户

在终端发出以下命令：

export JAVA_HOME=${JAVA_HOME:-$(/usr/libexec/java_home)} 
export LIBJVM=$(find "${JAVA_HOME}" -name 'libjvm.dylib')
R CMD javareconf JAVA_LIBS="${LIBJVM}" JAVA_LD_LIBRARY_PATH="${LIBJVM}" JAVA_CPPFLAGS="'-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/darwin -I$(dirname "${LIBJVM}")'"
ln -fs "$LIBJVM" /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

安装成功！

【讨论】：