常见问题——Java和xlsx包
以前没有使用过依赖 Java 的包的 R 用户在尝试使用用于读取 Excel 电子表格的 xlsx 包时经常会遇到问题。
未安装 Java 运行时
首先，许多新的 R 用户以前不需要在他们的计算机上安装 Java 运行时。 xlsx 包依赖于 rJava 和 xlsxjars 包。 rJava 要求 Java 运行时环境 1.2 或更高版本也存在于您的计算机上。
方案一：使用不需要Java的excel阅读器包
专业提示：解决此问题的最简单方法是使用不依赖于 Java 的 R 包，例如 openxlsx 或 readxl。
对于openxlsx，非常简单。
install.packages("openxlsx")
library(openxlsx)
# read the help file to identify the arguments needed to
# correctly read the file
?openxlsx
theData <- read.xlsx(...)
readxl 可以使用相同的过程。
install.packages("readxl")
library(readxl)
# read the help file to identify the arguments needed to
# correctly read the file
?readxl
theData <- read_excel(...)
解决方案 2：安装 Java 和所需的 R 包
也就是说，对于仍想使用xlsx 软件包的人来说，有适用于 Windows、Mac OSX 和 Ubuntu Linux 的可行解决方案。
解决方案 (Windows)： 从 Oracle 下载并安装最新版本的 Java Runtime Environment。请注意，如果您运行的是 64 位版本的 R，则需要安装 64 位版本的 Java Runtime。
解决方案 (Mac OSX)： 随着 Mac OSX 的更新版本，这变得更加复杂。在计算机上安装 Java 开发工具包后，需要遵循一组特定的命令。这些记录在rJava Issue 86 github page 上。
解决方案（Ubuntu）：使用 Ubuntu Advanced Packaging Tool 安装 Java，然后在 R 中重新配置 Java。
sudo apt-get install openjdk-8-jdk # openjdk-9-jdk has some installation issues
sudo R CMD javareconf
然后在 R / RStudio 中安装 xlsx 包。
install.packages("xlsx")
Windows 中的 32 位与 64 位 Java
人们可能遇到的另一个常见问题是计算机上安装的 Java 运行时环境版本与 R 版本（32 位或 64 位）不兼容。
例如，如果安装了 64 位版本的 R，但安装了 32 位版本的 Java Runtime Environment，则 R 将无法看到 Java Runtime Environment，产生相同的“Java 未安装错误”如上所述。
解决方案：此问题可以通过installing the 64-bit version of Java Runtime for Windows 解决，或者通过更改 RStudio 配置以使用 32 位版本的 R 来解决。
可以通过在 R / RStudio 中执行以下函数来识别安装的 Java 版本，以及是 32 位还是 64 位。
system("java -version")
...在基于 Windows 的 PC 上会返回类似这样的内容。
从 Windows 注册表中提取 Java 设置
验证安装在基于 Windows 的计算机上的 Java 版本的另一种方法是使用 utils::readRegistry() (h/t Access Windows Registry inside R)。
readRegistry("SOFTWARE\\JavaSoft\\Java Runtime Environment","HLM",maxdepth=3)
返回以下内容：
> readRegistry("SOFTWARE\\JavaSoft\\Java Runtime Environment","HLM",maxdepth=3)
$BrowserJavaVersion
[1] "11.261.2"
$CurrentVersion
[1] "1.8"
$`1.8`
$`1.8`$JavaHome
[1] "C:\\Program Files\\Java\\jre1.8.0_261"
$`1.8`$MicroVersion
[1] "0"
$`1.8`$RuntimeLib
[1] "C:\\Program Files\\Java\\jre1.8.0_261\\bin\\server\\jvm.dll"
$`1.8.0_261`
$`1.8.0_261`$JavaHome
[1] "C:\\Program Files\\Java\\jre1.8.0_261"
$`1.8.0_261`$MicroVersion
[1] "0"
$`1.8.0_261`$RuntimeLib
[1] "C:\\Program Files\\Java\\jre1.8.0_261\\bin\\server\\jvm.dll"
$`1.8.0_261`$MSI
$`1.8.0_261`$MSI$AUTOUPDATECHECK
[1] "1"
$`1.8.0_261`$MSI$AUTOUPDATEDELAY
[1] ""
$`1.8.0_261`$MSI$EULA
[1] ""
$`1.8.0_261`$MSI$FROMVERSION
[1] "NA"
$`1.8.0_261`$MSI$FROMVERSIONFULL
[1] ""
$`1.8.0_261`$MSI$FullVersion
[1] "1.8.0_261-b12"
$`1.8.0_261`$MSI$INSTALLDIR
[1] "C:\\Program Files\\Java\\jre1.8.0_261\\"
$`1.8.0_261`$MSI$JAVAUPDATE
[1] "1"
$`1.8.0_261`$MSI$JU
[1] ""
$`1.8.0_261`$MSI$OEMUPDATE
[1] ""
$`1.8.0_261`$MSI$PRODUCTVERSION
[1] "8.0.2610.12"
这是很多输出，但是我们仍然可以看到当前的Java版本是1.8，JavaHome设置为C:\\Program Files\\Java\\jre1.8.0_261。由于注册表树相对复杂，因此需要相当多的知识来编写正确的键以减少返回的输出量。
# more specific extract, given that $CurrentVersion is 1.8
readRegistry("SOFTWARE\\JavaSoft\\Java Runtime Environment\\1.8","HLM",maxdepth=3)
...返回一组更有针对性的注册表设置。
> readRegistry("SOFTWARE\\JavaSoft\\Java Runtime Environment\\1.8","HLM",maxdepth=3)
$JavaHome
[1] "C:\\Program Files\\Java\\jre1.8.0_261"
$MicroVersion
[1] "0"
$RuntimeLib
[1] "C:\\Program Files\\Java\\jre1.8.0_261\\bin\\server\\jvm.dll"
Java/R 与非英文版 Windows 10 的兼容性
请注意，截至 2020 年 7 月，Stackoverflow.com 上的用户报告了在 Windows 版本为非英语语言版本（例如中文、波兰语等）的情况下安装 Java 和 rJava 的问题。 Java 安装程序在这些版本的 Windows、R 和 rJava 包上的工作方式似乎无法正确访问 JAVA_HOME 目录。
要更正此问题，请使用 Windows 使用的相同语言重新安装 R。即在中文版Windows上，安装支持中文的R。安装后，您可以通过在.Rconsole 文件中设置language = "en" 将语言更改为英语。
参考：Common Problems: Java and xlsx package，最初由我于 2017 年 1 月在我的约翰霍普金斯大学数据科学专业化社区导师库中发布。