将收集函数应用于多个 csv 文件，将每个输入转换为 R 中具有相应名称的输出文件

Question

我使用“list.files”函数将大量 csv 文件放入列表中：

list.files("C:/Users/gyero/Documents/daphnia/SUMMARY_CHIMP")

我想对每个文件使用 gather() 函数，然后使用 sink() 为每个 csv 文件生成单独的输出。我需要一些方法来识别哪个输出文件对应于哪个输入文件。

为了循环文件，我在使用 lapply() 时遇到了一些困难

lapply(list.files[1:33], function{gather(WELL,MEASURE,A1:D6)})

我不确定如何获得相应的输出文件名 - 所以我尝试在 lapply 函数之前使用以下代码，这样至少输出文件将具有唯一的名称并且不会被覆盖：

sink('DATA.CSV')
paste0(Sys.time(),'DATA.CSV')

但是，我对此很陌生，并且在互联网上搜索过我仍然无法实现我的目标（上述方法不起作用）。我将非常感谢任何能够抽出时间帮助绝望的菜鸟的人。

Answer 1

你可以试试：

file_names <- list.files("C:/Users/gyero/Documents/daphnia/SUMMARY_CHIMP", 
                          full.names = TRUE)

lapply(file_names, function(x) {
    df <- read.csv(x)
    write.csv(tidyr::gather(df,WELL,MEASURE,A1:D6), 
              paste0(sub("\\.csv", "", basename(x)), "_output.csv"))
})

如果文件夹中有"A.csv"、"B.csv" 等文件，这将创建带有"A_output.csv"、"B_output.csv" 的新文件。另请注意，gather 现已停用并替换为 pivot_longer。