如何从 mpirun 在 gnome-terminal 中运行 gdb？答案

【问题标题】：How to run gdb in gnome-terminal from mpirun?如何从 mpirun 在 gnome-terminal 中运行 gdb？
【发布时间】：2019-10-11 15:56:57
【问题描述】：

我有一个使用 mpi 的程序。要调试它，我可以使用mpirun -np 2 xterm -e gdb myprog。

但是，xterm 在我的机器上是错误的。我想尝试 gnome-terminal 但我不知道该输入什么。我试过了：

1)mpirun -np 2 gnome-terminal -- gdb myprog

2)mpirun -np 2 gnome-terminal -- "gdb myprog"

3)mpirun -np 2 gnome-terminal -- bash -c "gdb myprog"

4)mpirun -np 2 gnome-terminal -- bash -c "gdb myprog; exec bash"

但是这些似乎都不起作用； 1),3),4) 在 gdb 中 run 之后说：

看起来 MPI_INIT 由于某种原因失败了；你的并行过程是很可能流产。并行过程可以有很多原因在 MPI_INIT 期间失败；其中一些是由于配置或环境问题。此故障似乎是内部故障；这里有一些附加信息（可能仅与 Open MPI 相关开发者）：

ompi_mpi_init：ompi_rte_init 失败

--> 返回 "(null)" (-43) 而不是 "Success" (0)

----------------------------------- --------------------------

*** MPI_Init 发生错误

*** 在 NULL 通信器上

*** MPI_ERRORS_ARE_FATAL（此通信器中的进程现在将中止，

*** 可能还有你的 MPI 工作）

[oleg-VirtualBox:4169] MPI_INIT 完成前的本地中止成功完成，但无法汇总错误消息，也无法保证所有其他进程都已被杀死！

[Inferior 1 (process 4169) exited with code 01]

在 2) 终端说：

为此终端创建子进程时出错

执行子进程“gdb app”失败（没有那个文件或目录）

顺便说一句，我使用的是 Ubuntu 18.04.02 LTS。

我做错了什么？

编辑：事实证明，有问题的不是 xterm，而是带有 --tui 选项的 gdb。如果你的程序打印了一些东西，那么无论在哪个终端，gdb 窗口都会开始显示不正确的东西。

【问题讨论】：

标签： bash gdb openmpi gnome-terminal

【解决方案1】：

问题是 gnome-terminal 将请求的程序交给终端服务器，然后立即退出。 mpirun 然后看到启动的程序已经退出，并破坏 MPI 运行时环境。当 MPI 程序真正启动时，mpirun 已经退出。据我所知，没有办法让 gnome-terminal 等到给定的命令结束。

有一个解决方法：不是直接用 mpirun 启动 gnome-terminal，而是有两个包装脚本。第一个是由 mpirun 启动的。它创建一个临时文件，告诉 gnome-terminal 启动第二个包装脚本，然后等待临时文件消失。第二个包装脚本运行您实际想要运行的命令，例如gdb myprog，等到它结束，然后删除临时文件。此时，第一个包装器注意到临时文件消失并退出。然后 mpirun 可以安全地破坏 MPI 环境。

这可能从脚本本身更容易理解。

debug.sh:

#!/bin/bash
# This is run outside gnome-terminal by mpirun.

# Create a tmp file that we can wait on.
export MY_MPIRUN_TMP_FILE="$(mktemp)"

# Start the gnome-terminal. It will exit immediately.
# Call the wrapper script which removes the tmp file
# after the actual command has ended.
gnome-terminal -- ./helper.sh "$@"

# Wait for the file to disappear.
while [ -f "${MY_MPIRUN_TMP_FILE}" ] ; do
    sleep 1
done

# Now exit, so mpirun can destroy the MPI environment
# and exit itself.

helper.sh

#!/bin/bash
# This is run by gnome-terminal.

# The command you actually want to run.
"$@"

# Remove the tmp file to show that the command has exited.
rm "${MY_MPIRUN_TMP_FILE}"

以mpirun debug.sh gdb myproc 运行它。

【讨论】：