我在 Mac 系统上使用 Emacs 和/或 Aquamacs 来编辑 R、latex 和 html 代码。将 OS X 升级到 el Capitan 后，R 停止工作（搜索程序：没有这样的文件或目录，R）。我想知道是否有人遇到同样的问题并找到了解决方案。
【问题讨论】：
关于“El Capitan”下的 R，您不必重新安装它。您可以通过列出目录来了解发生了什么
ls -l /Library/SystemMigration/History/Migration-<UUID>/QuarantineRoot/usr/bin
（其中<uuid> 看起来像38CF2251-9593-48E9-BAA4-4880AA47E908）。这是操作系统升级将以前存在于/usr/bin 中的链接放置的地方。只需以 root 身份创建与 R 和 Rscript 相同的符号链接：
cd /usr/local/bin
ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R R
ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript Rscript
当然，这假设/usr/local/bin 在您的PATH 中。
R 的新安装应该知道 El Capitan 中的变化，参见。 this R bug report.
【讨论】：
我认为问题在于usr/bin 不再可写。这就是像R 和Rscript 这样的程序存在的地方。在我的系统上，usr/bin 似乎被移动到了类似的位置：
/Library/SystemMigration/History/Migration-XXXXXXXX-XXXX-XXXX-XXXX-XXXXXXXXXXXX/QuarantineRoot/usr/bin
我想您可以将该隔离文件夹添加到您的路径中，因为在我的系统上，如果从那里执行，一切似乎都可以正常工作。
【讨论】：
这就是我所做的，它解决了问题。
当然，如果在 /usr/local/bin 中没有找到 R 命令，但在其他地方，您应该在步骤 2 中更改路径。
【讨论】：
升级后我不得不重新安装 R 和所有软件包。为了能够轻松地执行此步骤，请在升级到 El Capitan 之前将已安装的软件包保存在一个文件中。这些包实际上并没有被删除，它们位于 /Library/Frameworks/R.Framework/Versions/3.2/Resources/library（3.2 = 版本），因此您仍然可以找到它们，但有些可能在您的用户库中。
要保存您的软件包列表：
my.packages = library()[[2]] write.table(my.packages,file="my.packages.txt", row.names=F, col.names = T)
然后升级，从 R-3.2.2.pkg（或最新版本）重新安装，然后读取 my.packages 中的文本文件并使用 install.packages(my.packages, repos='http://cran.us.r-project.org') 和你应该很高兴。
【讨论】：
让 R 在 El Capitan 上运行时，我遇到了同样的问题。现在问题已经解决了。以下正是我尝试过的。您可能会发现其中一些步骤无关紧要，但为了完整起见，我将它们包括在内。
然后下载并安装： (i) R-3.2.2.pkg 并按照说明在终端中运行校验和命令。 (ii) XQuartz 4. 然后在终端中，输入 R 并且成功了。
对于我正在做的课程，需要其他包或库。要加载包'geonames，在终端类型中： install.packages(c("geonames"))
将出现一条消息，要求选择 CRAN 镜像。还会打开另一个窗口，其中包含镜像列表，单击一个并确定。
同样，包“UsingR”由以下人员加载： install.packages(c("UsingR"))
__结束
【讨论】：
这是另一个解决方案：用“修改后的 emacs”替换 emacs。它解决了 Auctex (latex-preview-pane-mode) 和 R 的所有问题。它也与 OS 10.11 一致。
您可以从以下地址下载：http://vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/mac/
【讨论】：
我遇到了同样的问题。我不确定 El Capitan 中发生了什么变化，但是将 R 二进制文件的路径（我的系统上的 /usr/local/bin）添加到我的 .emacs 文件中的 exec-path 为我解决了这个问题。
【讨论】：