如何使用 bash 脚本在 conda env 中运行原子和氢？

Question

我曾经有一个简单的 bash 脚本，用来激活 conda env 然后运行 ​​atom。然后，我可以使用 Hydro 运行 python 代码，它可以自动查看 myenv 中的包。

之前的 bash 脚本是这样的：

#!/bin/bash

source activate myenv && 
atom

由于 conda > 4.4 'source activate' 不再存在，我不得不将脚本修改为：

#!/bin/bash

source /home/ubuntu/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh &&
conda activate myenv &&
atom

但是，hydrogen 不再检测 myenv 并从基本 env 运行代码，由于基本 env 中缺少包而导致错误。

当我用 spyder 替换 atom 时，上面的脚本工作正常，并且 spyder 内核确实看到了 myenv。

知道如何解决这个问题吗？

更新 1：

我做了更多的调试。看来我的 ipykernel 并没有分配给安装在激活环境中的内核，而是分配给了默认的 ipykernel。

当我在激活环境中尝试 jupyter kernelspec list 时，我得到：

python3    /home/ubuntu/.local/share/jupyter/kernels/python3

但是在另一个系统上，我得到了

/home/ubuntu/miniconda3/envs/myenv/share/jupyter/kernels/python3

这似乎是正确的内核。

知道如何解决这个问题吗？

更新 2：

this 似乎解决了更新 1 中的问题。然后，我能够使用接受的答案在所需的环境中加载原子，并从该环境中的 ipykernel 运行氢气。

Answer 1

source activate 仍然像以前一样工作，尽管它不再是激活环境的首选方式。

如果你只运行一个命令，试试

conda run -n <envname> <command>

可能首先获取配置文件。

我没有尝试过，但一个潜在的问题是您在获取配置文件后使用&&。我假设当您写问题时，行继续字符（\）在那里丢失了。只需将命令写入单独的行，以便在 bash 处理下一个命令之前加载配置文件。