从 Mac OSX 终端运行 R答案

【问题标题】：Running R from Mac OSX terminal从 Mac OSX 终端运行 R
【发布时间】：2017-11-04 07:16:07
【问题描述】：

我已经搜索了网络，但我仍然不清楚如何从 Mac 终端运行 R。我安装了 Rstudio 和独立的 R 应用程序。我以为我可以像使用“python”一样从命令行键入“R”，但这不起作用。是否有必要在我的 bash 配置文件中编辑 PATH？如果是这样，我该如何给出R的正确位置？

感谢您的帮助

收到cmets后编辑

所以，我正在运行 Sierra，当我在终端输入“r”或“R”时，我得到“-bash: R: command not found”。如果我在终端中输入“which R”，我不会得到任何输出。

这是“echo $PATH”的输出：/usr/local/heroku/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/ bin:/Users/samuelcolon/anaconda/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin:/Users/samuelcolon/.rvm/gems/ruby-2.1.0/bin:/Users/samuelcolon/。 rvm/gems/ruby-2.1.0@global/bin:/Users/samuelcolon/.rvm/rubies/ruby-2.1.0/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin:/usr/本地/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Users/samuelcolon/.rvm/bin:/Users/samuelcolon/.rvm/bin

至于安装，我相信我前段时间是直接从cran.r-project.org下载的。我可以在我的应用程序中找到 GUI 并打开它—— 我有 3.13 版。有可能吗，我只安装了 R.app 但没有安装 R？也许这就是我在终端中输入“R”时收到“找不到命令”的原因？

一般来说，我一直在 RStudio 工作，但我仍然想从终端访问 R 并找到东西所在的位置。如果从第一方开始最容易，我可以删除并重新安装 R。我希望额外的细节有所帮助，我感谢您的回复。

【问题讨论】：

使用 Rscript yourscript.R
这取决于您安装它的位置/方式。如果您使用 homebrew，它将是 /usr/local/bin/Rscript your script.R
我可以在终端中使用r 或R 启动R，也就是说，大写和小写命令都可以。试试which R。它返回什么？你在塞拉之下吗？升级到 Sierra 后，我有 some problems with R，然后升级了 R。
您没有提供任何信息可以让人们帮助您。 R 在应用程序和终端级别上都可以在 macOS 上正常运行。你从哪里得到R？你是怎么安装的？你的PATH 是什么样的？您是否查看过它是否在/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R 中以及是否有指向/usr/local/bin/R 的符号链接？ RStudio 很可能找到了它（不过你没有提到这个关键事实）。它说 R 在哪里？
@hrbrmstr 我同意 hrbrmstr 的 cmets sjc725。您能否通过单击问题下方的“编辑”字样为您的问题添加更多详细信息。添加您可以添加的内容。您是在终端中输入 R 还是其他应用程序可以帮助我更好地理解。如果您现在可以使用 R，请让其他人知道，以便我们知道您的问题已解决。

标签： r bash macos

【解决方案1】：

不熟悉终端和 Bash 的人的答案。

我已经从 R.org cran 站点完成了 R 的全新更新安装，作为寻求问题答案的一部分。

我发现这个最新的安装版本 3.4.0 安装了 R 以便在终端中访问，并且还安装了 R.app 作为包的一部分。

据我了解，阅读支持文档，如果您有旧版本的 R，它会更新它。但是它不会更新由 anaconda 包安装的 R 安装。

R 文件存储在哪里？

我只能假设全新安装最新的 R，R 将在终端中为您工作。

要了解正在访问的 R 文件在哪里 - 在启动 R 后在终端中，在 R.app 中，键入：

>R.home()

以我为例：

在 R.app - R 版本 3.4.0 在顶层目录（不是我的用户文件夹）中访问：

R.home()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"

在终端中 - 在 Anaconda 包中访问 R 版本 3.3.2，同样在顶级目录中。

R.home()
[1] "/anaconda/lib/R"

所以我有两个不同版本的 R，并且终端访问 R.app 的不同版本。

如何确保在终端中访问的版本与在 R.app 中访问的版本相同？

对于熟悉 bash 以及整个 bash 命令系统如何工作的人，我确信有一个构造良好的命令。这里都是一些新手解决方案。

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• 第一个解决方案：

我可以更新 anaconda 版本，但是，我不希望 anaconda 包的其他元素依赖于这个旧版本的 R。对于那些还不熟悉终端和 bash 的人来说，这不是一个新手解决方案。

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• 第二种解决方案：

这个解决方案来自 mko。它提供了一次性使用的解决方案。从上面的结果中，进一步检查目录结构以找到这个 R 文件。

找到重要的 R 文件使我能够编辑 R.app 中显示的上述路径的扩展名。所以添加/bin/R进入

/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R

输入并按回车将从此版本启动 R。

或者，您可以在 GUI Finder 中找到此文件和图标，根据上述结果，双击它，它将打开终端和一个运行 R 的会话。简单！

您也可以为其创建一个别名并将其放在您的桌面上，以便将来开始使用。

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• 第三种解决方案：

我认为我的最后一个解决方案可能是最好的，添加到 mko 的解决方案中。做一个别名。

在终端的主目录中，我使用 nano 文本编辑器打开 .bash_profile。（如果您还不知道如何执行此操作，那么最好不要使用此解决方案。）

然后我在这个 env 文件中添加这一行。

alias Rv340='/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R'

然后我保存更改并退出此终端会话。然后我打开一个新的终端窗口。（这样对上述 env 的更改将合并到新的终端会话中）。

然后当我输入别名时：

Rv340

我想要的 R 版本打开。

您可以为“Rv340”选择不同的别名。

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• 第四个解决方案：

在终端中打开相同版本的 R 的第二个更永久的解决方案如下。

复制 R.app 中显示的路径以响应上面的 R.home() 命令，然后将该路径添加到 .bash_profile 中的 PATH 中。（如果您还不知道如何执行此操作，请忽略此解决方案。）请按以下步骤操作。

export PATH="/Library/Frameworks/R.framework/Resources:$PATH"

据我了解，这可以确保 bash 在这里查找 R（以及其他任何内容），然后转到 PATH 中的其他路径。由于这会将此路径添加到 $PATH（一个环境变量）的开头，因此 bash 首先会在这里查找它首先找到较新版本的位置，然后停止查找。

在了解 .bash_profile 中设置的环境中的 PATH 时，以下两个链接很有帮助。

About PATH.

How to correctly add a path to PATH.

这个解决方案可能会与 anaconda 对 R 的调用混为一谈。我尚未对此进行检查。

【讨论】：

【解决方案2】：

首先，您必须启动终端应用程序。您可以使用内置的 Terminal.app，也可以使用替换。我最喜欢的是 iTerm2

https://www.iterm2.com

然后，您只需打开终端窗口并运行 R。如下所示：

玩得开心！

【讨论】：

不错！补充长答案。
我认为问题是在命令行上找不到“R”，无论是终端还是 iTerm。说“打开终端并输入 R 然后 RET”不会解决这个问题。
你有没有看到人们发布答案后有问题的更新；）不要对整个互联网投反对票，只需添加一些可以解决问题的内容；）

【解决方案3】：

在我的 MacBook (MacOS BigSur) 上安装 R-4.0.3.pkg 时遇到了同样的问题。可以打开 R.app 到笨重的 R GUI，但在终端中输入“R”不起作用。

事实证明，一个 R 可执行文件位于：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/bin/R

所以我将此别名添加到我新创建的 .zshrc 脚本中：

alias R '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/bin/R'

现在当我输入 R 时，它会打开...我发誓这一切在早期版本中都是无缝发生的。

【讨论】：

我认为我们需要在R之后加上等号，即alias R='/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/bin/R'。
这绝对没有必要，除非您的 R 安装或您的 PATH 已损坏。解决这个问题，而不是创建骇人听闻的解决方法，因为它会产生其他负面后果。

【解决方案4】：

目前 CRAN 的 R 安装包中存在一个错误，导致它无法正确安装指向 R 和 Rscript 的符号链接以供命令行使用。我刚刚通过检查 4.0.5 安装包中的 postflight 脚本验证了这一点。这仅影响 20 及以上的 MacOS 系统版本（您可以通过uname -r 查询）。

我在这里包含了更多信息，以及“正确”修复应该是什么：手动创建指向 /usr/local/bin 的符号链接，指向 R 和 Rscript 二进制文件本身。如果这是当前的挑战，那么这将是创建别名或以各种方式操纵PATH 的更好解决方案，因为这是安装包打算做的事情（并且可能很快会再次发生）。

R: command not found

简而言之，如果这是问题所在，那么 Ashkan Mirzaee 直接创建符号链接的答案 (https://stackoverflow.com/a/67202173/2093929) 在形式上是正确的，但可能没有正确的链接命令。 4.0.5 包打算改为使用：

    mkdir -p /usr/local/bin
    cd /usr/local/bin
    rm -f R Rscript
    ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R .
    ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript .

【讨论】：

我刚刚从 CRAN 二进制包中安装了 R 版本 3.6.3，并且没有自动创建符号链接。这个解决方案对我有用

【解决方案5】：

您可以创建从 R 和 Rscript 二进制文件到 /usr/local/bin 的符号链接，以将它们添加到 PATH：

sudo ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R /usr/local/bin
sudo ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/Rscript /usr/local/bin

现在 which R 应该返回 /usr/local/bin/R 并且您可以使用 R。

【讨论】：

这绝对没有必要：安装 R（通过官方包和 Homebrew）会自动生成这些链接。如果它们不存在，则说明您的安装已损坏，您应该从头开始重新安装 R，而不是乱用它。此外，您不应将硬编码版本链接到 /usr/local/bin。链接Versions/Current 符号链接路径。
官方包4.0.3版本不创建链接。无论如何，该命令不会强制链接，如果链接/文件已经存在，则将被忽略。修复了硬编码版本。谢谢！
我刚刚检查过：官方 R 包安装程序 4.0.3 确实创建符号链接作为其飞行后构建步骤的一部分。如果没有，说明您的系统有问题。
你卸载了以前的 R 并删除了 /usr/local/bin/R 和 /usr/local/bin/Rscript 吗？您可能有旧版本的链接。
不，我检查了安装包源。

【解决方案6】：

在 macOS 上以管理员权限打开 RStudio 的简单方法：

转到应用程序，然后右键单击 RStudio
选择“显示包装内容”
转到目录/MacOS
现在打开终端（在 bash 模式下）。键入 sudo 并将 RStudio.exec 拖到终端并按 ENTER

现在 RStudio 将拥有管理员权限！

【讨论】：