PyVCF：检查空文件[重复]答案

【问题标题】：PyVCF: check for empty file [duplicate]PyVCF：检查空文件[重复]
【发布时间】：2015-07-02 19:56:48
【问题描述】：

我正在使用 PyVCF python 包来解析 vcf 文件。这是读取 vcf 文件的命令：

vcf_reader = vcf.Reader(open('file.vcf', 'r'))

在去下游之前，我想检查一下vcf_reader是否有数据，即file.vcf里面有记录。如何查看？

对不起，我对 python 真的很陌生，我才刚刚开始，我试图在谷歌上寻找它，但没有成功。

谢谢。

【问题讨论】：

vcf.Reader 返回一个迭代器，因此您可以使用常用方法来检查迭代器是否为空（如我已将其标记为副本的问题中所见）。
谢谢 Vulcan，我会尝试该帖子中提出的解决方案。 :)

标签： python

【解决方案1】：

您可以在执行任何操作之前使用 os.stat 检查文件大小：

from os import stat

if  stat("file.vcf").st_size != 0

或者使用您的迭代器检查任何不以# 开头的行，然后在调用 Reader 之前将文件对象重置为开头：

with open('file.vcf', 'r') as f:
     if any(not line.startswith("#") for line in f):
       f.seek(0)
       vcf_reader = vcf.Reader(f)

在没有元数据的情况下进行测试：

[<vcf.model._Record object at 0x7f2f95c68eb8>, <vcf.model._Record object at 0x7f2f95c7b9b0>, <vcf.model._Record object at 0x7f2f95c7ba58>, <vcf.model._Record object at 0x7f2f95c7bb38>, <vcf.model._Record object at 0x7f2f95c7bf60>]

with 没有输出。

【讨论】：

我不熟悉 VCF 文件格式，但这仅适用于文件中也不存在元数据的情况。换句话说，如果任何元数据的至少一个字节存在，这种方法将无法确定记录本身是否存在。
看一眼file format specification，似乎元数据确实存在，因此不幸的是，这个答案是不正确的，尽管可能有帮助。
谢谢帕德莱克。在 vcf 格式中有一些以“#”开头的行，所以 @Vulcan 提到这种方法不起作用。
@cucurbit，如果需要，只需检查第一行或第二行，然后再次寻找文件的开头，有多少行？
@PadraicCunningham 你会不会有点误解这个问题？ VCF 文件具有元数据，后跟一系列数据记录（如果存在）。问题是如何检查除了基本元数据之外是否还有VCF数据记录。