如何执行批处理以合并通道答案

【问题标题】：How to perform Batch processing to Merge channels如何执行批处理以合并通道
【发布时间】：2020-11-25 23:30:38
【问题描述】：

我有两个单独的文件夹，其中包含相同数量的显微镜图像（每个文件夹中有 134 张图像）。这是针对特定细胞的两种不同染料。我想要做的是将一个文件夹中的每个图像与另一个文件夹中的相应图像合并，即文件夹 a 的第一个图像与文件夹 b 的第一个图像等等。我一直在尝试做这项工作，但由于每个图像都有不同的名称，我无法通过批处理成功完成这项工作。任何人都可以帮忙吗？谢谢

我需要使用 ImageJ --> Image --> Color --> Merge channels 合并左侧两个图像的通道以获得右侧图像在设置中使用 C1（红色）和 C3（蓝色）。 [1]：https://i.stack.imgur.com/OUKkg.jpg

【问题讨论】：

它们是彩色还是灰度图像？ “合并” 是什么意思？合并后两个图像会并排吗？还是上下？或者你会在每个点拍摄两个图像中较亮的那个吗？还是混合平均值？或者你会用一个作为红色通道，另一个作为蓝色通道？你用什么操作系统？
"merge" as Image --> Color --> 合并通道 C1（红色）来自文件夹 B，C3（蓝色）来自文件夹 B。我没有其他颜色（不使用任何其他通道）。我正在使用 Windows。
如果 ImageMagick 是可接受的工具，我很可能会为您提供解决方案。所有图片的大小是否相同 - 请提供一对图片和预期结果。
所有图像的大小相同。它们是在自动显微镜过程中生产的。因此，没有人为错误。我不知道如何在评论中发布图片。由于无法搜索到图片，我们只需要离开 cmets。
点击您的问题下方的edit 并在此处添加图片。或者，如果您不能，请添加指向 Dropbox 或 Google Drive 的链接以及图片。

标签： batch-file image-processing batch-processing imagej imagej-macro

【解决方案1】：

由于您没有对我使用 ImageMagick 的建议提出任何异议，我将向您展示如何使用它。

由于您没有提供任何图像，假设您有两个名为 A 和 B 的目录，在 A 中您想要用作红色通道的 PNG 文件和在 @987654327 中的 PNG 文件@ 你想用作蓝色通道。我假设您想要一个零/空白绿色通道。

./A/image1.png
./A/image2.png
./B/image1.png
./B/image2.png

现在，进入A，一个文件的基本命令是：

cd A
magick image1.png ( +clone -fx 0 ) ../B/image1.png -combine result.png

也就是说...... “加载image1.png，复制它并用零填充副本，加载../B/image1.png并将它们组合起来，假设第一个是红色，第二个是绿色，第三个是蓝色，并将它们保存为result.png"。

希望你能做到这一点。如果它符合您的要求，我们可以处理批处理版本。我不使用 Windows，所以我会在 Linux 上写这个：

#!/bin/bash

for f in *png ; do
   echo "Combining $f (as Red), zero (as Green) and ../B/$f (as Blue) to make res-$f"
   magick $f \( +clone -fx 0 \) ../B/$f -combine res-$f
done

我知道少量的 Windows BATCH 脚本非常危险，所以我会尽力猜测它的外观。另存为GO.BAT:

FOR %%G IN (*.png) DO (
ECHO %%G
magick %%G ( +clone -fx 0 ) ../B/%%G -combine res-%%G
)

如果我将您的 "image" 加载到 Photoshop 中并剪下显着部分并从第二张图像上修剪 112 像素以使其与第一张相同大小，然后颠倒顺序并合并他们使用建议的命令，我得到：

【讨论】：