软件包“rjags”的安装具有非零退出状态答案

【问题标题】：Installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status软件包“rjags”的安装具有非零退出状态
【发布时间】：2015-11-25 06:02:58
【问题描述】：

当我尝试安装包 rjags 时，我收到以下致命错误：

install.packages("rjags")
Installing package into ‘/home/marco/.rkward/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'http://mirrors.softliste.de/cran/src/contrib/rjags_3-15.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 66879 bytes (65 KB)
==================================================
downloaded 65 KB

* installing *source* package ‘rjags’ ...
** package ‘rjags’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for prefix by checking for jags... no
configure: error: "Location of JAGS headers not defined. Use configure arg '--with-jags-include' or environment variable 'JAGS_INCLUDE'"
ERROR: configuration failed for package ‘rjags’
* removing ‘/home/marco/.rkward/library/rjags’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpditLat/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rjags") :
  installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status

显然，第一条错误信息是

配置：错误：“未定义 JAGS 标头的位置。使用配置参数 '--with-jags-include' 或环境变量 'JAGS_INCLUDE'”

我该如何解决这个问题？

【问题讨论】：

你有什么问题？
您需要在系统中安装jags（Just Another Gibbs Sampler for Bayesian MCMC simulation）。在 Ubuntu 14.04 上，sudo apt-get install jags 应该可以工作。

标签： r jags

【解决方案1】：

正如顶部评论所解释的，您需要在系统中安装 JAGS（Just Another Gibbs Sampler）。由于您使用的是 Ubuntu 14.04，因此运行

sudo apt-get install jags

应该够了。但是，如果您在另一个发行版中（或者，由于某种原因，上面的代码对您不起作用），最好了解如何从源代码获取 JAGS：

访问http://mcmc-jags.sourceforge.net/
在“下载”下查找正确的版本。例如，Fedora 用户应该查看 http://download.opensuse.org/repositories/home:/cornell_vrdc/ 的 Fedora_20 文件夹
别忘了下载基础版和开发版。

安装成功后，你可以回到R（反正全程保持打开状态），安装你想要的包。

【讨论】：

+1。可能值得注意 - 我从源代码到非标准位置构建了 jags（我的服务器上没有 root 访问权限），并且必须使用以下样式来安装 runjags（我猜 rjags 会类似): install.packages("runjags", configure.args = c("--with-jags-include={path_to_jags}/include/JAGS", "--with-jags-lib={path_to_jags}/lib"))

【解决方案2】：

对我来说，首先，我通过终端使用安装 jags：

sudo apt-get install jags

然后

install.packages("rjags")

错误消失了。

【讨论】：

【解决方案3】：

1) 如有必要，下载并安装 R (https://www.r-project.org/) 和可能的 R 用户界面，如 R Studio（有关 R 入门的提示，请参阅此处）。 2) 根据操作系统要求下载并安装 JAGS。 (http://mcmc-jags.sourceforge.net/) 3) 安装额外的 R 包：例如，在 R install.packages("rjags") 中。特别是，我使用包 rjags 与 JAGS 和 coda 接口来处理 MCMC 输出。

【讨论】：