使用 Rethinking R 包拟合贝叶斯模型时出错答案

【问题标题】：Error when fitting Bayesian model with the Rethinking R package使用 Rethinking R 包拟合贝叶斯模型时出错
【发布时间】：2020-09-24 12:03:24
【问题描述】：

我正在尝试使用 Rethinking R 包拟合一个非常简单的模型来估计疾病的患病率，如第 6 页上的https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Methodology-estimating-point-prevalence%20-SARS-CoV-2-infection-pooled-RT-PCR-testing.pdf 所述

这是我的代码：

quap(alist(
    p ~ dbeta(.3, .3),
    p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p), # I tried also p_test <- 1 - dbinom(0, s, p)
    k ~ dbinom(w, p_test)
), data = list(s = 10, k = 30, w = 200))

但我收到错误： Error in pars[[i]] : subscript out of bounds in quap

我做错了什么？

【问题讨论】：

包含您的单个观察数据？我从未使用过rethinking 包，但在大多数采样器（rjags、rstan 等）中，我们希望这里有一个列表或向量列表...
是的，是计数数据。我相信这不应该是一个问题。同一型号的 Stan 版本至少不会抱怨。
好的。那没关系;）

标签： r syntax-error bayesian model-fitting

【解决方案1】：

重新排序alist 中的定义可以解决问题。

quap(
 alist(
    k ~ dbinom(w, p_test),
    p ~ dbeta(.3, .3),
    p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p) 
 ), 
 data = list(s = 10, k = 30, w = 200)
)

此代码返回：

Quadratic approximate posterior distribution

Formula:
k ~ dbinom(w, p_test)
p ~ dbeta(0.3, 0.3)
p_test ~ 1 - dbinom(0, s, p)

Posterior means:
         p 
0.01575975 

Log-likelihood: -2.55

【讨论】：

谢谢！你知道为什么吗？
我不知道具体原因，因为我没有检查quap 的代码。我一直遵循似然的结构，然后是先验，因为它是在quap 的帮助下模糊地编写的（flist 应该是定义似然函数的单个公式，或者更确切地说是定义参数的似然和先验的公式列表. 见下面的例子。）