【问题标题】:How to test the convergence in bugs model?如何测试错误模型中的收敛性?
【发布时间】:2016-05-05 15:49:20
【问题描述】:

我想用命令 plot() 解释错误模型中的收敛。输出示例如下图

我不确定我能不能很好地阅读这个输出,谢谢大家:)

【问题讨论】:

    标签: bayesian winbugs convergence r2winbugs


    【解决方案1】:

    不幸的是,您似乎无法从您显示的图中确认收敛(编辑:至少有一些信息,见下文)。图的左侧只是一个毛毛虫图,它实际上只显示了每个参数分布的 95% 区间。

    评估收敛是一个更加细致入微的过程,因为有多种方法可以确定您的模型是否已经收敛。您需要确定的是,您的模型已经适当地探索了每个参数的参数空间(通过跟踪图,coda 库中的 traceplot 函数),链方差之间和链内方差(gelman-rubin 诊断,@987654324 @ 在coda 库中)和链中的自相关(autocorr.plotcoda)。其他人建议使用多种其他措施来评估您的模型是否已经收敛,查看 coda 包的其余部分将说明这一点。

    我强烈建议您阅读他们的user manual(链接到 pdf)中的 WINBUGS 教程,它有一个部分用于检查模型收敛性。您要确保跟踪图混合良好(查看教程以了解这意味着什么),您的 Gelman Rubin 诊断对于每个参数小于 1.10(一般规则),并且您的链不太相关(这将减少链中的有效样本量)。

    祝你好运,阅读一些有关该主题的内容,如果您对贝叶斯推理感兴趣,它将对您大有裨益!

    编辑

    正如@jacobsocolar 指出的那样,我完全错过了,这个问题中可用的图至少有一些信息表明模型确实收敛了。我没有看到左侧图右侧的 R-hat 图。如果模型确实收敛,则每个参数的这些值应小于 1.1。目测上面的图确实暗示模型收敛了,但是这会更容易看出图上的 1.1 标记处是否有一条垂直线,而实际上没有。

    【讨论】:

    • 非常感谢!现在我将尝试理解包尾来做另一个收敛分析。我确实明白仅用这个情节很难确认收敛,但现在我可以阅读这个情节。谢谢:)
    • 在毛毛虫图旁边有一个 r-hat (psrf) 值图。我同意评估收敛是微妙的,但这是一个好的开始。一般来说,假设初始值适当地过度分散并且没有发生任何古怪的事情,模型看起来是收敛的。
    • 我很抱歉,正如@JacobSocolar 指出的,这里有一些信息。我更新了我的答案来解决这个问题。
    【解决方案2】:

    您的输出数字确实足以(开始)评估收敛性,与 M_Fidino 的回答相反。在毛毛虫图旁边,有一个“r-hat”值图。这些是 Gelman-Rubin 统计量——链间方差与链内方差的比率,它们都

    【讨论】:

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