从文件 rjags 中读取数据

Question

我的数据文件如下所示：

list(y=structure(.Data=c(26, 228, 31, ...)), .Dim=c(413,9))

假设这个文件被保存为“data.txt”。

如果我在“R2OpenBUGS”中工作，它可以让我毫无问题地将数据作为文件传递：

mcmc <- bugs(data = "data.txt", inits=...)

但在 JAGS 中，如果我将数据作为“data.txt”传递，它会说：“数据必须是列表或环境”。这里有什么问题？另外，如果没有办法解决它，有没有办法可以将数据作为 R 中的列表读取？

我的模型是：

model {
for (i in 1:413) {
    for (j in 1:9) {
        logy[i,j] <- log(y[i,j])
        logy[i,j] ~ dnorm(m[i], s)
    }
}

# priors
for (i in 1:413) {
    m[i] ~ dgamma(0.001, 0.001)
}

s ~ dgamma(0.001, 0.001)

}

Answer 1

来自JAGS user manual

7.0.4 数据转换

JAGS 允许数据转换，但语法与 BUGS 不同。 BUGS 允许您在关系的左侧放置一个随机节点两次，如本示例取自手册

for (i in 1:N) {
   z[i] <- sqrt(y[i])
   z[i] ~ dnorm(mu, tau)
}

这在 JAGS 中是被禁止的。您必须将数据转换放在单独的关系块中，前面带有关键字data：

data {
   for (i in 1:N) {
     z[i] <- sqrt(y[i])
   }
}
model {
   for (i in 1:N) {
      z[i] ~ dnorm(mu, tau)
   }
   ...
}