R 中的 for 或 foreach 循环与 Tukey 的测试比较答案

【问题标题】：for or foreach loop in R with Tukey's Test comparisonsR 中的 for 或 foreach 循环与 Tukey 的测试比较
【发布时间】：2014-06-25 03:50:34
【问题描述】：

以下是我的数据的示例：

metabolite  treatment area
x           A         1
x           B         2
x           C         3
y           A         4
y           B         5
y           C         6
z           A         7
z           B         8
z           C         9
x           A         12
x           B         22
x           C         32
y           A         42
y           B         52
y           C         62
z           A         72
z           B         82
z           C         92

对于每种代谢物，我想测试处理的平均面积是否不同。换句话说：

代谢物 X : A vs. B, A vs. C, B vs. C 代谢物 Y : A vs. B, A vs. C, B vs. C 代谢物 Z : A vs. B, A vs. C, B vs. C

我需要在 R 中执行 Tukey 检验 (http://en.wikipedia.org/wiki/Tukey%27s_range_test)，这将对处理（A 与 B、A 与 C 和 C 与 B）进行每对比较。这是我想出的，但它不起作用。

`for (i in levels(data$metabolite)) { 
tukey_part1 <- aov(data$area ~ data$treatment)
tukey_part2 <- TukeyHSD(x=tukey_part1, 'data$treatment', conf.level=0.95) 
                             } `

请帮忙！

【问题讨论】：

标签： r for-loop foreach statistics anova

【解决方案1】：

好吧，您实际上从未尝试使用您正在循环的i 变量。我继续将for 循环更改为使用lapply。这个怎么样

res<-lapply(levels(data$metabolite), function(i) {
    met<-data[data$metabolite==i, ]  #subset for metabolite i
    part1<-with(met, aov(area ~ treatment))
    print(part1)
    list( 
        part1 = part1,
        part2 = TukeyHSD(x=part1, 'treatment', conf.level=0.95)
    )
})
names(res)<-levels(data$metabolite)

这将为您提供一个或多个列表，其中包含您要查找的部件。例如，您可以使用res[[_metabolite_]][[_part_]] 提取结果，例如...

res[["x"]][["part1"]]
res[["y"]][["part2"]]

【讨论】：