tidy 函数不能在 future_map 中使用？

Question

我在下面有 R 代码。 对于最后一行，当我使用 map() 函数时，它运行良好。 但是，当我更改为 future_map() 函数时，我收到以下错误消息：

“错误：mutate() 列 model 有问题。 我model = future_map(splits, fun1)。 x 没有适用于 'tidy' 的方法应用于“c('lmerMod', 'merMod')”类的对象”

有什么想法吗？谢谢。

fun1 <- function(data) {
    data %>% analysis %>%
       lmer(val ~ period + (1 | id), data = .) %>% tidy
 }
 
 plan(multisession)
 
 raw %>%
    nest(data = -c(analyte, var)) %>%
    mutate(boot = future_map(data, ~ bootstraps(
       data = .x,
       times = 5,
       strata = id
    ),
    .progress = T)) %>%
    unnest(boot) %>%
    mutate(model =future_map(splits, fun1)) 

Answer 1

我的一个脚本遇到了完全相同的问题。为了让future_map 与tidy 正常工作，我需要明确引用broom 包（即我需要使用broom::tidy 代替tidy）。在您的示例中，您尝试从混合模型中提取汇总统计信息，因此如果我们将 fun1 修改为如下所示，代码应该可以正常运行：

fun1 <- function(data) {
data %>% analysis %>%
   lmer(val ~ period + (1 | id), data = .) %>% broom.mixed::tidy
}

---

更新（2021 年 12 月 13 日）：

在阅读了更多内容后，我现在了解到，正如原始帖子中所述，问题是由于未在评估未来的 R 环境中附加 broom.mixed 包。而不是修改fun1（这是解决问题的一种非常hacky的方法），我们应该使用future_map的.options参数来保证broom.mixed被附加（并且所有相关函数都可用）未来的环境。以下代码应该可以正常运行：

fun1 <- function(data) {
          data %>%
          analysis %>%
          lmer(val ~ period + (1 | id), data = .) %>%
          tidy
        }

plan(multisession)

raw %>%
  nest(data = -c(analyte, var)) %>%
  mutate(boot = future_map(data, ~ bootstraps(data = .x,
                                              times = 5,
                                              strata = id),
                           .progress = T)) %>%
  unnest(boot) %>%
  mutate(model = future_map(splits,
                            fun1,
                            .options = furrr_options(packages = "broom.mixed")))

我的收获是，为了安全起见，始终使用future_map 的.options 参数列出我们需要使用的包（作为字符向量）可能是一个好习惯。我希望这会有所帮助！