您如何专门订购 ggplot2 x 轴而不是字母顺序？ [复制]

Question

我正在尝试使用 ggplot2 使用 geom_tiles 函数创建 heatmap 下面是我的代码：

p<-ggplot(data,aes(Treatment,organisms))+geom_tile(aes(fill=S))+
  scale_fill_gradient(low = "black",high = "red") + 
  scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) + 
  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + 
  theme(legend.position = "right", 
    axis.ticks = element_blank(), 
    axis.text.x = element_text(size = base_size, angle = 90, hjust = 0, colour = "black"),
    axis.text.y = element_text(size = base_size, hjust = 1, colour = "black")).

数据是我的 data.csv 文件
我的 X 轴是治疗类型
我的 Y 轴是生物的类型

我对命令和编程不太熟悉，而且我在这方面相对较新。我只想能够指定 x 轴上标签的顺序。在这种情况下，我试图指定“治疗”的顺序。默认情况下，它按字母顺序排列。如何以与原始 csv 文件相同的顺序覆盖/保留数据？

我试过这个命令

scale_x_discrete(limits=c("Y","X","Z"))

其中 x、y 和 z 是我的治疗条件顺序。但是它不能很好地工作，并且让我缺少加热盒。

Answer 1

接受的答案提供了一个需要更改基础数据框的解决方案。这不是必需的。也可以直接在 aes() 调用中进行因式分解，或者为此创建一个向量。

这当然和user Drew Steen's answer没有太大区别，但重要的区别是不改变原始数据框。

level_order <- c('virginica', 'versicolor', 'setosa') #this vector might be useful for other plots/analyses

ggplot(iris, aes(x = factor(Species, level = level_order), y = Petal.Width)) + geom_col()

或

level_order <- factor(iris$Species, level = c('virginica', 'versicolor', 'setosa'))

ggplot(iris, aes(x = level_order, y = Petal.Width)) + geom_col()

或
直接在 aes() 调用中，没有预先创建的向量：

ggplot(iris, aes(x = factor(Species, level = c('virginica', 'versicolor', 'setosa')), y = Petal.Width)) + geom_col()

Answer 2

如果没有完整的、可重复的示例，要回答您的具体问题有点困难。然而，这样的事情应该可以工作：

#Turn your 'treatment' column into a character vector
data$Treatment <- as.character(data$Treatment)
#Then turn it back into a factor with the levels in the correct order
data$Treatment <- factor(data$Treatment, levels=unique(data$Treatment))

在本例中，因子的顺序与data.csv 文件中的顺序相同。

如果您喜欢不同的订单，可以手工订购：

data$Treatment <- factor(data$Treatment, levels=c("Y", "X", "Z"))

但是，如果你有很多关卡，这很危险：如果你把其中任何一个弄错了，就会导致问题。