snakemake：在集群上运行一些任务，在本地运行一些任务

Question

我正在使用snakemake 来编排分析管道。有些任务非常小（例如创建一些符号链接），而有些则需要几个小时。有没有办法对其中一些使用--cluster，但只在本地执行另一些？

Answer 1

localrules 就是这样做的。当下面的示例使用--cluster 运行时，bar 作业在集群中运行，foo 作业在本地运行。

localrules: foo

rule foo:
    ...

rule bar:
    ...