subprocess.call 在 Windows 上使用 cygwin 而不是 cmd

Question

我在 Windows 7 上编程，在我的一个 Python 项目中我需要调用 bedtools，它仅适用于 Windows 上的 Cygwin。我是 Cygwin 的新手，安装了默认版本 + bedtools 所需的一切，然后使用 Cygwin 通过使用 make 来安装 bedtools，如 installation instructions 中所述。

$ tar -zxvf BEDTools.tar.gz
$ cd BEDTools-<version>
$ make

当我使用 Cygwin 终端像下面这样手动调用它时，它可以正常工作并且输出文件包含正确的结果。

bedtools_exe_path intersect -a gene_bed_file -b snp_bed_file -wa -wb > output_file

但是当我在我的程序中使用subprocess.call 时，它似乎使用的是 Windows cmd 而不是 Cygwin，这不起作用。

arguments = [bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments)

导致没有输出文件并且返回码为3221225781。

---

arguments = [bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments, shell=True)

导致一个空的输出文件和3221225781的返回码。

---

cygwin_bash_path = 'D:/Cygwin/bin/bash.exe'
arguments = [cygwin_bash_path, bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments)

导致没有输出文件，返回码为126 和

D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: cannot execute binary file

---

arguments = [cygwin_bash_path, bedtools_exe_path, 'intersect', '-a', gene_bed_file, '-b',
             snp_bed_file, '-wa', '-wb', '>', output_file]
return_code = suprocess.call(arguments, shell=True)

导致一个空的输出文件，126 的返回码和

D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: D:/BEDTools/bin/bedtools.exe: cannot execute binary file

---

有什么想法可以让它工作吗？

Answer 1

假设您想从 Windows 运行 Linux 命令。您可以将 Linux 安装到 VM 中并通过 ssh（Windows 上的 Putty/plink）运行命令：

#!/usr/bin/env python
import subprocess

cmd = [r'C:\path\to\plink.exe', '-ssh', 'user@vm_host', '/path/to/bedtools']
with open('output', 'wb', 0) as file:
    subprocess.check_call(cmd, stdout=file)

Cygwin 提供run 命令，允许直接运行命令：

cmd = [r'C:\cygwin\path\to\run.exe', '-p', '/path/to/', 'bedtools', 
        '-wait', 'arg1', 'arg2']

注意：在这两种情况下，Python 脚本都是从 Windows 运行的。 bedtools 在这里是 Linux 或 Cygwin（非 Windows）命令，因此您应该提供 POSIX 路径。

Answer 2

以下工作没有问题。 " 不需要转义。

argument = 'sh -c \"' + bedtools_exe_path + ' intersect -a ' + gene_bed_file + 
           ' -b ' + snp_bed_file + ' -wa -wb\"'

with open(output_file, 'w') as file:
    subprocess.call(argument, stdout=file)

也可以使用以下方法：

argument = 'bash -c \"' + bedtools_exe_path + ' intersect -a ' + gene_bed_file + 
           ' -b ' + snp_bed_file + ' -wa -wb\"'

with open(output_file, 'w') as file:
    subprocess.call(argument, stdout=file)

与：

bedtools_exe_path = 'D:/BEDTools/bin/bedtools.exe'
gene_bed_file = 'output/gene.csv'
snp_bed_file = 'output/snps.csv'
output_file = 'output/intersect_gene_snp.bed'

使用 cygwin bash.exe (D:/Cygwin/bin/bash.exe) 的路径而不是 bash 或 sh 不起作用。

谢谢 eryksun、Padraic Cunningham 和 J.F. Sebastian。