NetworkX 图：使用有序列表创建节点

Question

我对图表完全陌生。我有一个 213 X 213 距离矩阵。我一直在尝试使用网络来可视化距离矩阵，我的想法是，当绘制图形时，相距较远的节点将显示为单独的集群。所以我正在创建一个带有代表列索引的节点的图表。我需要跟踪节点以便之后对其进行标记。我需要按特定顺序添加边，所以我需要跟踪节点及其标签。

代码如下：

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_nodes_from(time_pres) ##time_pres is the list of labels that I want specific node to have

 for i in range(212):
    for j in range(i+1, 212):
        color = ['green' if j == i+1 else 'red'][0]
        edges.append((i,j, dist[i,j], 'green')) ##This thing requires allocation of distance as per the order in dist matrirx
        G.add_edge(i,j, dist = dist[i,j], color = 'green')

我现在正在做的方式是分配带有 id 作为数字的节点，这与 time_pres 中的标签索引不同。

Answer 1

我可以回答您似乎在问的问题，但这不会是您麻烦的结束。具体来说，我会告诉你哪里出错了。

所以，我们假设变量time_pres定义如下

time_pres = [('person1', '1878'), ('person2', '1879'), etc)]

那么，

G.add_nodes_from(time_pres)

创建带有标签('person1', '1878')、('person2', '1879') 等的节点。这些节点保存在字典中，键是节点的标签，值是与每个节点相关的任何附加属性。在您的情况下，您没有属性。你也可以从manual online 看到这个，或者如果你输入help(G.add_nodes_from)。

您甚至可以通过键入以下任一行来查看节点的标签。

G.nodes()        # either this
G.node.keys()    # or this

这将打印标签列表，但由于它们来自字典，它们的顺序可能与time_pres 不同。您可以通过标签来引用节点。他们没有任何额外的身份证号码或其他任何东西。

现在，用于添加边缘。 manual 表示如果两个节点中的任何一个尚未在图中，则它们将被添加。所以，当你这样做时

G.add_edge(i, j, dist = dist[i,j], color = 'green')

其中，i 和 j 是数字，它们被添加到图表中，因为它们不存在于图表标签中。因此，您最终添加了节点 i 和 j 以及它们之间的边。相反，你想做

G.add_edge(time_pres[i], time_pres[j], dist = dist[i,j], color = 'green')

这将在节点 time_pres[i] 和 time_pres[j] 之间添加一条边。据我了解，这是你的目标。

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但是，您似乎期望在绘制图形时，节点time_pres[i] 和time_pres[j] 之间的距离将由G.add_edge() 中的属性dist=dist[i,j] 决定。实际上，节点的位置是由保存节点的 x 和 y 位置的元组决定的。从manual 到nx.draw()。

pos：字典，可选

以节点为键、位置为值的字典。如果未指定，将计算弹簧布局定位。有关计算节点位置的函数，请参见 networkx.layout。

如果不定义节点位置，它们将随机生成。在您的情况下，您需要像

这样的字典

pos = {('person1', '1878'): (23, 10),
       ('person2', '1879'): (18, 11),
       etc}

然后，节点i 和j 之间的坐标将导致等于dist[i,j] 的距离。你必须弄清楚这些坐标，但由于你没有明确说明你是如何得出矩阵dist的，所以我不能说什么。