如何在R中打印层次聚类的顺序？答案

【问题标题】：How to print the order of hierarchical clustering in R?如何在R中打印层次聚类的顺序？
【发布时间】：2013-08-15 10:17:26
【问题描述】：

使用以下 6 个意大利城市之间的距离矩阵：

0   662 877 255 412 996
662 0   295 468 268 400
877 295 0   754 564 138
255 468 754 0   219 869
412 268 564 219 0   669
996 400 138 869 669 0

R 会输出它聚集它们的顺序：例如，单链接会告诉你：

City 3 and City 6, followed by
City 4 and City 5, followed by
City 1 to City 4 and City 5, finally City 2 to City 3 and City 6.

重要的是我得到一个数字输出而不是从树状图中读取它。

【问题讨论】：

标签： r dendrogram hclust

【解决方案1】：

我不知道您的问题的完整解决方案，但也许您可以使用 hclust 返回的 merge 值。

来自?hclust：

合并：一个 n-1 x 2 矩阵。 “合并”的第 i 行描述了合并在聚类的步骤 i 中的聚类。如果一个元素 j 在该行是负数，然后观察 -j 在此合并阶段。如果 j 为正，则合并与集群在算法的（早期）阶段 j 形成。因此 “合并”中的负数表示单例，正数表示非单例。

你的例子：

d <- as.dist(read.table(textConnection("
0   662 877 255 412 996
662 0   295 468 268 400
877 295 0   754 564 138
255 468 754 0   219 869
412 268 564 219 0   669
996 400 138 869 669 0")))

hc <- hclust(d, method="single")

plot(hc)

hc$merge

#     [,1] [,2]  # from bottom up
#[1,]   -3   -6  # City 3 and 6
#[2,]   -4   -5  # City 4 and 5
#[3,]   -1    2  # join City 1 and City 4/5
#[4,]   -2    3  # join City 2 and City 1/4/5
#[5,]    1    4  # join City 3/6 and City 1/2/4/5

【讨论】：

谢谢。我需要它，以便我可以决定同时对哪些集群进行分组。我知道 cutree 会告诉你每个集群中有哪些元素，但是，如果几个集群在同一高度加入，它会“随机”拆分这个集群。