chromomap 包有什么问题以及如何更改颜色和添加图例？

Question

这是我的数据

chr_anot

gene    chr start   end
wnt5    1A  670 900
wnt6    1A  512 635
wnt7    1A  225 315
wnt1    1A  125 400
lala    2A  200 400
BABA    3A  100 150

chr_file

chr start   end
1A  90  1000
2A  50  500
3A  60  600

我使用这个脚本在 R studio 中运行 chromomap 包

library(chromoMap) 
chr.data <- read.csv("chr_file.csv", header=T) 
anno.data <- read.csv("chr_anot.csv", header = T) 
chromoMap(list(chr.data),list(anno.data), labels = T, data_based_color_map = T, data_color = list(c(col.set)))

但是我收到了这样的警告消息：

谁能告诉我出了什么问题？我得到了这样的结果。

我也想让每个基因都有不同的颜色并添加图例。有人知道怎么做吗？

Answer 1

警告信息是由于注解 data.frame anno.data 引起的，因为它没有额外的 data 列（注解文件中的第 5 列，输入格式请参见 docs）而您通过设置data_based_color_map = T 指示 chromoMap 根据与特征相关的数据着色。

如果您想为每个基因添加颜色，您只需在anno.data 中添加第 5 列，最好是您的基因名称，例如：

anno.data <- cbind.data.frame(anno.data,Symbol=anno$gene)

然后，您可以创建每个基因唯一着色的图，并通过将 legend 设置为 TRUE 并调整其他参数以根据需要创建图例。

请查看如何使用 chromoMap here 为分类数据创建离散颜色图。

这是我为你尝试过的：

chromoMap(list(chr.data),list(anno.data), 
          # labelling arguments 
          labels = T, 
          label_font = 12,
          label_angle = -55,
          # group annotation arguments
          data_based_color_map = T,
          data_type = "categorical",
          data_colors = list(c("red2","yellow3","blue2","orange3","purple","green2")),
          # for the  legend
          legend = T,
          #adjusting the legend along y-axis
          lg_y = 250,
          #increasing canvas width for legend
          canvas_width = 600,
          #playing with plot properties
          text_font_size = 12,
          chr_color = c("#d3d3d3"))

这是输出：

您可以尝试chromoMap 提供的许多其他配置选项和功能。请阅读documentation了解更多详情。

披露：我是 chromoMap 开发者

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