如何在列表中查找事件？ [复制]答案

【问题标题】：How can I find occurences in a list? [duplicate]如何在列表中查找事件？ [复制]
【发布时间】：2018-04-27 15:23:32
【问题描述】：

我正在使用 Python 进行分配，如果您能回答，我有一个问题。我想编写一个函数，它返回一个列表，其中包含序列中所有“ATG”出现的第一个核苷酸的位置。例如，我们可以说我们的 DNA 序列是 AATGCATGC。我们看到 ATG 可以从索引 1 开始，另一种可能是索引 5。我试过这个来解决这个任务；

dna = "AATGCATGC"
starting_offset = dna.index("ATG")
print(starting_offset)

我得到的结果是 1。但我想得到结果为 [1, 5]

那么我应该如何为所有事件编写这个函数呢？

谢谢你帮助我:)

【问题讨论】：

听起来像是 itertools 的工作 - 搜索 python 和 itertools 并查看 api
如果你想自己做：找到第一个出现 [x] - 匹配匹配中不可能（找不到从一个查找开始的 ATG）所以从你的查找位置创建一个较短的字符串+ len(ATG) 并找到下一个索引。累积它们直到剩下少于 len(ATG) 个字符。
@strawberry：这种方法的例子见我的回答

标签： python list function return bioinformatics

【解决方案1】：

使用正则表达式，您可以使用 re.finditer 查找所有出现：

你可以试试这个功能：

import re
text = 'AATGCATGC'
pattern='ATG'
def getIndexes (text,pattern):
    list=[index.start() for index in re.finditer('ATG', text)]
    return list
getIndexes(text,pattern)
>>[1, 5]

它将为您提供您正在寻找的列表。希望这会有所帮助！

【讨论】：

【解决方案2】：

如果你想思考什么，分析一下：

def GetMultipleInString(dna, term):
    # computing end condition 0
    if (term not in dna):
        print (dna + " does not contain the term " + term)
        return []

    # start of list of lists of 2 elements: index, rest
    result = [[None,dna]]

    # we look for the index in the rest, need to keep track how much we
    # shortened the string in total so far to get index in complete string
    totalIdx = 0

    # we look at the last element of the list until it's length is shorter
    # than the term we look for (end of computing condition 1)
    termLen = len(term)

    while len(result[-1][1]) >= termLen:
        # get the last element
        last = result[-1][1]
        try:
            # find our term, if not found -> exception
            idx = last.index(term) 
            # partition "abcdefg" with "c" -> ("ab","c", "defg")
            # we take only the remaining 
            rest = last.partition(term)[2] 
            # we compute the total index, and put it in our result
            result.append( [idx+totalIdx , rest] ) 
            totalIdx += idx+termLen 
        except:
            result.append([None,last])
            break

    # any results found that are not none? 
    if (any( x[0] != None for x in result)):

        print (dna + " contains the term " + term + " at positions:"),
        # get only indexes from our results
        rv = [ str(x[0]) for x in result if x[0] != None]
        print (' '.join(rv))

        return rv

    else:
        print (dna + " does not contain the term " + term)
        return []

print("_----------------------------------_")
myDna = "AATGCATGC"  
res1 = GetMultipleInString(myDna,"ATG")   
print(res1)

res2 = GetMultipleInString(myDna,"A")
print(res2)

【讨论】：