将计算值分配给函数 R 中的对象

Question

我正在尝试使用函数为所有特征返回一个值为“alt_props”的对象。 (alt_props x b) 至少应为 30，因此当计算出的 (alt_props x b) 低于 30 时，该 alt_props 值应更改为 alt_props 值 30/b。 (1:7) 是代表不同特征的列。

calc_props <- function(x, pvals, betas){
  s <- colSums(pvals < 5e-8, na.rm = TRUE) #significant SNPs
  t <- colSums(!is.na(pvals)) #all SNPs
  b <- colSums(!is.na(betas)) #Number of betas 
  alt_props <- s/t    #alt_prop calculation
  a[x] <- 30/b #value to assign if alt_props*b < 30
  alt_props[(alt_props*b) < 30] <- a[x] #check to ensure that "alt_prop*b" is atleast 30
  alt_props
}

alt_props <- calc_props(1:7, pvals, betas) #the columns are the traits (7)

但是，在运行此代码时，我收到错误 Error in a[x] <- 30/b : object 'a' not found。我怎样才能分配正确的a？

我的数据如下所示：

dput(pvals[1:10])
c(0.14, 0.87, 3.7e-23, 1.2e-07, 0.84, 0.72, 0.34, 0.13, 0.019, 
8e-05)
> dput(betas[1:10])
c(-0.0021, 2e-04, -0.0141, -0.0082, -7e-04, 8e-04, 0.0021, -0.0034, 
-0.0039, 0.0179)

Answer 1

第二次尝试这个答案。通过使用colSums、s、t 和b 来判断应该都是相同长度的向量，然后计算比例并将其存储在向量alt_props 中。现在，如果条件为(alt_props * b) < 30，则要输入值30/b。我们可以尝试使用值和条件向量来做到这一点。查看新功能。我看不到原始函数中需要x，因为它似乎只用于以某种方式对a 进行子集化。

calc_props <- function(x, pvals, betas){
  s <- colSums(pvals < 5e-8, na.rm = TRUE)
  t <- colSums(!is.na(pvals)) #all SNPs
  b <- colSums(!is.na(betas)) #Number of betas 
  alt_props <- s/t    #alt_prop calculation

  # Create the subsetting values and condition
  condition_val <- 30/b
  condition <- (alt_props*b) < 30

  # Subset both the alt_props and condition values with the same vector
  alt_props[condition] <- condition_val[condition] 
  alt_props
}