如何创建一个表作为 dunn.test 输出（R）？答案

【问题标题】：how to create a table as dunn.test output (R)?如何创建一个表作为 dunn.test 输出（R）？
【发布时间】：2015-04-22 01:13:03
【问题描述】：

我正在处理细菌焦磷酸测序数据，并且正在使用 R 进行统计分析。我有 21 个样本和 7 种不同的处理方法。我将我的数据加载到 R phyloseq 中获取：

> psR
phyloseq-class experiment-level object
otu_table()   OTU Table:         [ 7498 taxa and 21 samples ]
sample_data() Sample Data:       [ 21 samples by 8 sample variables ]
tax_table()   Taxonomy Table:    [ 7498 taxa by 6 taxonomic ranks ]
phy_tree()    Phylogenetic Tree: [ 7498 tips and 7497 internal nodes ]

由于我发现处理之间存在统计学上的显着差异（具有阿多尼斯功能），我想知道哪些 OTU 在不同处理中具有不同的丰度。为此，我使用了函数 dunn.test（结合了 Kruskal-Wallis 测试），首先交换 OTU 表中的行和列以应用测试：

swap_otu_table <- t(otu_table(psR))
treatment <- c('A', 'A', 'A', 'B', 'B', 'B', 'C', 'C', 'C', 'D', 'D', 'D', 'E', 'E', 'E', 'F', 'F', 'F', 'G', 'G', 'G')
swap_otu_tableDF <- as.data.frame(swap_otu_table)
ncol(swap_otu_tableDF)
[1] 7498
lapply(swap_otu_tableDF[1:7498], function(x) kruskal.test(x ~ treatment,   data=swap_otu_tableDF))

这个递归函数的输出非常难以阅读，尤其是对于所有 7498 OTU。

有没有办法以递归方式应用 Kruskal-Wallis + Dunn 检验，将表格作为输出，最好按重要性顺序，并且不仅包含 OTU 代码，还包含 tax_table( psR)?

非常感谢！

莉迪亚

【问题讨论】：

标签： r kruskal-wallis dunn.test

【解决方案1】：

这确实很旧，但我一直在寻找这个答案，并想我会发布以防其他人以后偶然发现这个问题。

dunn.test 有一个内置选项，可以将输出作为列表。这就是您真正需要的，因为您可以将其转换为 data.frame 并按列排序。

这里有一些示例代码：

table = dunn.test(X, g, list=TRUE)
table = cbind.data.frame(table$comparisons,table$Z,table$P.adjusted)
table[order(table$`table$P.adjusted`),]

【讨论】：

【解决方案2】：

请参阅dunn.test 包。在 Kruskal-Wallis 测试之后，Dunn 测试的表格输出有两种不同的选项。从 1.3.0 开始，该软件包还包括一个将多重比较输出为列表的选项。

【讨论】：