具有多个因素的 R Kruskal-Wallis答案

【问题标题】：R Kruskal-Wallis with multiple factors具有多个因素的 R Kruskal-Wallis
【发布时间】：2016-05-07 13:55:44
【问题描述】：

我正在寻求对我的一组数据执行 Kruskal-Wallis 检验以获取大量因素的帮助。我可以针对单一因素进行测试，例如 AD_1yr：

kruskal.test(Shannon ~ AD_1y, data=comm)

但是我有 50 多个因素要测试，并且希望有一个可以输入的代码来执行所有因素的测试，而无需手动执行 50 次不同的测试。

【问题讨论】：

注：您可能需要考虑某种类型的校正计算，因为您正在制作multiple comparisons。

标签： r kruskal-wallis

【解决方案1】：

我们可以使用lapply 循环遍历factor 列，使用“shannon”列创建data.frame 并执行kruskal.test

allfactorcolumns <- sapply(comm, is.factor)
lst <- lapply(comm[allfactorcolumns], function(x) 
    kruskal.test(Shannon~., data= data.frame(x, comm['Shannon'])))

如果我们需要提取'p.value'、'df'等

do.call(rbind, lapply(lst, function(x) data.frame(Pval= x$p.value, 
                     stat= x$statistic, df= x$parameter)))

【讨论】：

@user2988430 感谢您的反馈。我忘了结束)
OK 让它运行，但看起来它针对所有因素运行了 1 次测试。 data: Shannon by x Kruskal-Wallis chi-squared = 79, df = 79, p-value = 0.4788 我希望它分别针对每个因素运行 1 次测试。
@user2988430 实际上，它是用 'Shannon' 分别运行每个因子。
嗯好的。我想得到一个输出，它显示了 each 因子的结果卡方、df 和 p 值。这可能吗？
@akun 在 lapply(lst, function(x) data.frame(Pval = x$p.value, stat = x$statistic, : object 'lst' not found