【问题标题】:makeClusterPSOCK ERROR workers failed to connectmakeClusterPSOCK ERROR 工作人员无法连接
【发布时间】:2021-09-10 01:07:13
【问题描述】:

我在 R 上运行 Seurat 时遇到此错误。

ma​​keClusterPSOCK(workers, ...) 中的错误: 集群设置失败。 4 名工作人员中有 4 名无法连接。

在安装 R 4.1 之前从未发生过。

我试过没用

  • parallel:::setDefaultClusterOptions(setup_strategy = "sequential")
  • cl

有什么建议(也许还有一点解释,因为我对 R 还是比较陌生)?我的电脑过热,我认为下面的命令不起作用

**选项(future.globals.maxSize = 8000 * 1024^2)

plan("multiprocess", workers = 4)**

【问题讨论】:

    标签: r debugging error-handling seurat


    【解决方案1】:

    4.1 R/RStudio 目前与parallel 存在各种问题。我在使用 R 4.1 上的 CB2 包时遇到了类似的问题,它也使用 parallel 来支持多核。这可能与 R 4.1 中尚未修补的错误有关(提到 herehere),尽管现在 R-devel 80472 中有一个特定的修复程序。如果您的问题没有通过这些线程的建议得到解决,我建议回滚到不存在该问题的以前的 R 版本。

    【讨论】:

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