未生成远程 SFTP答案

【问题标题】：Remote SFTP is not being generated未生成远程 SFTP
【发布时间】：2021-02-08 23:18:18
【问题描述】：

我可以的

sftp server.com <<< """put bar.txt bar.txt"""

在~/.shh/config 中使用我的配置，并尝试将其合并到我的Snakefile 中。在docs 之后，我设法连接，但没有传输文件：

from snakemake.remote.SFTP import RemoteProvider
SFTP = RemoteProvider(mkdir_remote=True, username='my.email@something.com', private_key='~/.ssh/id_rsa')

rule all:
    input:
        "bar.txt"
    output:
        SFTP.remote('server.com/bar.txt')
    shell:
        "cp {input} {output}"

不传输文件。我错过了什么吗？上面的 sftp 命令是如何使用 pysftp 执行的？

提前致谢！

【问题讨论】：

你的 shell 命令显示 cd 而不是 cp。
是的，抱歉。当我用通用名称替换示例时一定发生了这个错误......我改变了它，感谢您的发现。此代码是否适用于您可以访问的服务器？！
您是否得到任何输出，例如错误消息？如果是这样，请将其放在您的问题中。
前两行代码与代码部分中的其余文本有何关联？
我刚刚注意到“上面的 sftp 命令是如何使用 pysftp 执行的？”所以你的代码没有问题。相反，您要求我们为您编写代码。这不是它在这里的工作方式。编写一些您认为应该可以工作的代码，然后提供您的代码并询问为什么它不工作的问题。如果您还不知道如何编写代码，请查找教程或书籍以了解您需要了解的内容。我们这里不教编程。

标签： python sftp snakemake pysftp

【解决方案1】：

只是为了确认：以上内容应按书面规定工作。我遇到了超时，因为 SFTP 使用并行 pysftp/paramiko 连接，这在我的基础架构上是有限的。

（snakemake dry-run 也尝试访问 ftp 服务器上的文件，然后我被阻止了 5 分钟，因为我打开了太多连接）

【讨论】：