如何使用 NA 值制作热图和聚类？

Question

我正在尝试使用我的数据制作热图，但很难正确编码。
我的矩阵充满了 log(x+1) 值，这样我就不会遇到 log(0) 错误但是由于我的数据的性质，我有一堆 0 值，它们掩盖了热图的任何趋势可能会显示。因此，我想将任何 0 值着色为灰色或黑色，然后将其余数据沿蓝-白-红光谱着色。

这是我正在使用的编码，

RHeatmap <- read.delim("~/Desktop/RHeatmap.txt", row.names=1, stringsAsFactors = FALSE)

my_palette <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red")) (n=20)
RHeatmap.matrix <- as.matrix(RHeatmap)
RHeatmap.matrix[RHeatmap.matrix==0]=NA

heatmap.2(RHeatmap.matrix,trace="none",col = my_palette, margins =  c(5,1),scale = "none", symbreaks = FALSE, Colv=TRUE, dendrogram="both",lwid=c(1.5,2.0)) 

在网上寻找如何为 0 值分配单独的颜色时，我注意到人们将它们分配为 N.As，然后可以将其编码为某种颜色。问题1：我该怎么做？

我还想知道如何使用 N.A 值进行聚类，当我尝试时收到一条错误消息，提示您无法使用 N.A 值进行聚类。

Answer 1

要使其工作，您需要指定中断。注意：需要比颜色多一个中断。

library(gplots)

dat <- matrix(2**rnorm(900, sd = 5), ncol=9)
dat[sample(seq_along(dat), size = 180)] <- 0 ##setting some data to 0

my_palette <- colorRampPalette(c("yellow", "orange", "red")) (n=20)
breaks <- seq(min(dat2, na.rm = T), max(dat2, na.rm = T), length.out = 21)

dat2 <- log2(dat+1)
dat2[dat2 == 0] <- NA
heatmap.2(dat2, trace="none", na.color = "black", scale="none", 
          col = my_palette, breaks=breaks)

关于您更笼统的可视化问题的两分钱：

1) 您的所有数据都高于 0，因此我建议使用顺序颜色图，而不是发散颜色图。白色往往被视为 0，就像在这种情况下，我看到白色并自动认为它是 0。

2) 您当前的热图对我来说看起来不错，即聚类和表示良好（除了颜色图）。我不确定它会变得“更好”多少，或者“更好”会是什么样子。

3) 如果您的数据中有 0，我会保留它们，只要它们有意义。这是非常依赖数据的。

4) 您可以查看不同的距离指标，这些指标可能会以不同的方式对待/加权 0 个条目。

5) 将0s 设置为NA 将更改聚类，因为默认情况下，距离仅在完整案例上计算。更多信息请见dist。