使用 automap 包的交叉验证问题答案

【问题标题】：Issue with cross-validation using the automap package使用 automap 包的交叉验证问题
【发布时间】：2013-01-03 21:01:47
【问题描述】：

我想对 geoR 中的 ca20-Dataset 进行交叉验证包裹。例如，使用 meuse 数据集，这可以正常工作，但是对于这个数据集，我遇到了一个奇怪的问题空间点数据帧。也许您可以自己尝试并解释为什么 autoKrige.cv 函数不起作用（我尝试了几个 nfold-values 但这只会更改错误的位置值消息...）：

library(geoR)
library(gstat)
library(automap)
data(ca20)
east=ca20$coords[,1]
north=ca20$coords[,2]
concentration=ca20$data
frame=data.frame(east,north)
data=data.frame(concentration)
points<-SpatialPoints(data.frame(east,north),proj4string=CRS(as.character(NA)))
pointsframe<-SpatialPointsDataFrame(points,data, coords.nrs = numeric(0),proj4string = CRS(as.character(NA)), match.ID = TRUE)
krig=autoKrige(pointsframe$concentration~1,pointsframe)
plot(krig)
cv=autoKrige.cv(pointsframe$concentration~1,pointsframe)

希望有人能重现问题，我的R版本是2.15，所有包都是最新的（至少不超过一个月左右...）。

感谢您的帮助！！

【问题讨论】：

请注意gstat 和automap 不适用于非投影数据，因此请检查是否是这种情况。看来您的数据没有被预测...

标签： r gstat spatial-interpolation automap geor

【解决方案1】：

首先，您可以更轻松地构建 SpatialPointsDataFrame：

library(geoR)
library(gstat)
library(automap)

...并构建 SPDF：

pointsframe = data.frame(ca20$coords)
pointsframe$concentration = ca20$data
coordinates(pointsframe) = c("east", "north")

您遇到的问题在于如何使用formula 参数。您将空间对象pointsframe 添加到公式中，实质上是将向量直接放入公式中。您应该只在公式中使用列名，如下所示：

cv=autoKrige.cv(concentration~1,pointsframe)

它的工作原理：

> summary(cv)
            [,1]      
mean_error  -0.01134  
me_mean     -0.0002237
MAE         6.02      
MSE         60.87     
MSNE        1.076     
cor_obspred 0.7081    
cor_predres 0.01343   
RMSE        7.802     
RMSE_sd     0.7041    
URMSE       7.802     
iqr         9.519

【讨论】：