如何编译lapack以便在安装octave的过程中可以正确使用？答案

【问题标题】：how to compile lapack so that it can be used correctly during installation of octave?如何编译lapack以便在安装octave的过程中可以正确使用？
【发布时间】：2014-06-21 05:02:12
【问题描述】：

我正在尝试在运行 redhat+IBM LSF 的集群中从源代码安装最新的 octave 3.8.1。除了我自己的主目录之外，我没有其他任何地方的写访问权限，这就是为什么我必须从源代码安装 octave。集群提供的 blas 和 lapack 不起作用，所以我必须自己构建它们。我现在已经完成了blas和lapack的编译并通过了./configure，但是当我运行make时，报错如下：

这些是我用来构建自己的BLAS 和LAPACK 的步骤。 BLAS 的来源在~/src/BLAS，LAPACK 的来源在~/src/lapack-3.5.0，倍频程3.8.1 的来源在~/src/octave-3.8.1。只加载了两个模块1) pcre/8.33 2) acml/5.3.1/gfortran64，我使用

编译了BLAS共享库

gfortran -shared -O2 *.f -o libblas.so -fPIC

和静态库使用

gfortran -O2 -c *.f -fPIC
ar cr libblas.a *.o

然后我将共享库libblas.so 复制到~/src/octave-3.8.1。 lapack 目录下make.inc 文件的内容为：

####################################################################
#  LAPACK make include file.                                       #
#  LAPACK, Version 3.5.0                                           #
#  November 2013                                                   #
####################################################################
#
SHELL = /bin/sh
#  
#  Modify the FORTRAN and OPTS definitions to refer to the
#  compiler and desired compiler options for your machine.  NOOPT
#  refers to the compiler options desired when NO OPTIMIZATION is
#  selected.  Define LOADER and LOADOPTS to refer to the loader and 
#  desired load options for your machine.
#
FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -shared -O2 -fPIC
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive
LOADER   = gfortran
LOADOPTS =
#
# Timer for the SECOND and DSECND routines
#
# Default : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME
#TIMER    = EXT_ETIME
# For RS6K : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME_
# TIMER    = EXT_ETIME_
# For gfortran compiler: SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION ETIME
TIMER    = INT_ETIME
# If your Fortran compiler does not provide etime (like Nag Fortran Compiler, etc...)
# SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION CPU_TIME
# TIMER    = INT_CPU_TIME
# If neither of this works...you can use the NONE value... In that case, SECOND and DSECND will always return 0
# TIMER     = NONE
#
#  Configuration LAPACKE: Native C interface to LAPACK
#  To generate LAPACKE library: type 'make lapackelib'
#  Configuration file: turned off (default)
#  Complex types: C99 (default)
#  Name pattern: mixed case (default)
#  (64-bit) Data model: LP64 (default)
#
# CC is the C compiler, normally invoked with options CFLAGS.
#
CC = gcc
CFLAGS = -O3
#
#  The archiver and the flag(s) to use when building archive (library)
#  If you system has no ranlib, set RANLIB = echo.
#
ARCH     = ar
ARCHFLAGS= cr
RANLIB   = ranlib
#
#  Location of the extended-precision BLAS (XBLAS) Fortran library
#  used for building and testing extended-precision routines.  The
#  relevant routines will be compiled and XBLAS will be linked only if
#  USEXBLAS is defined.
#
# USEXBLAS    = Yes
XBLASLIB     =
# XBLASLIB    = -lxblas
#
#  The location of the libraries to which you will link.  (The 
#  machine-specific, optimized BLAS library should be used whenever
#  possible.)
#
#BLASLIB      = ../../librefblas.a
BLASLIB      = ~/src/BLAS/libblas.a
LAPACKLIB    = liblapack.a
TMGLIB       = libtmglib.a
LAPACKELIB   = liblapacke.a

然后我输入 make 来编译 LAPACK。编译后，我将输出liblapack.a复制到~/src/octave-3.8.1。

./configure 命令行是：

./configure --prefix=$HOME/bin/octave --with-blas=./libblas.so --with-lapack=$HOME/src/octave-3.8.1/liblapack.a --disable-readline --enable-64

我可以通过 ./configure。然后我输入make 尝试构建octave 3.8.1，我得到了上述错误。

从make.inc文件可以看出我已经按照编译器“recompile with -fPIC”的建议，对make.inc进行了相应的修改。我还在OPTS 变量中添加了-shared 开关。此外，我尝试过使用旧的 LAPACK 版本但无法正常工作。我真的不知道为什么错误仍然出现。所以我想知道您是否可以告诉我如何编译LAPACK 库，以便在安装 octave 3.8.1 期间可以正确使用它。以下两点可能值得考虑。 (1) 我应该将 lapack 编译为静态库还是共享库？（2）-fPIC开关应该应用于lapack编译还是octave的make？如果是后者，如何应用-fPIC来制作？您不必局限于上述两点，因为错误可能还有其他原因。欢迎任何解决此问题的建议。如果您需要任何其他信息，请告诉我。谢谢你。

【问题讨论】：

您在尝试运行make 之间是否清理了辅助构建文件？关于将标志传递给 Octave 构建，您可以直接在配置步骤中进行：./configure CXXFLAGS='-O2 -fPIC'.
谢谢。我在make之前输入了“make clean”。我在 ./configure 的命令行参数中添加了“CXXFLAGS='-O2 -fPIC'”，但出现了同样的错误。
@user2384994 你成功了吗？也许您还应该修改make.inc 中的CFLAGS、LOADOPTS 和NOOPT（只是猜测）。您还可以记录 lapack 构建并检查是否真的使用 -fPIC 标志调用了编译器。

标签： gcc installation fortran octave lapack

【解决方案1】：

刚刚在我老板的野兽上编译了 lapack 共享库......这是a link，几乎做对了。我做了一些更改：

(1) 添加-fPIC到

OPTS & NOOPT in make.inc

(2)将make.inc中的名字改为.so

BLASLIB = ../../libblas.so

LAPACKLIB = ../liblapack.so

(3) 在 ./SRC 中，将 Makefile 更改为

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
    $(RANLIB) $@

到

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(LOADER) $(LOADOPTS) -shared -Wl,-soname,liblapack.so -o $@ $(ALLOBJ) ../libblas.so

因为 lapack 正在调用 blas，如果你错过了最后一部分，你的 liblapack.so 将会失败！您需要针对 libblas.so 链接 liblapack.so （ libatlas.so 也可以）。您可以使用“ldd liblapack.so”来检查它的依赖关系。如果您在其中看到 libblas.so，那么您几乎做对了。

(4) 在 ./BLAS/SRC 中，将 Makefile 更改为

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
$(RANLIB) $@

到

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(LOADER) $(LOADOPTS) -z muldefs -shared -Wl,-soname,libblas.so -o $@ $(ALLOBJ)

(5) 我不需要 libtmg.so 所以我没有更改它... 运行

make blaslib

然后

make lapacklib

您将编译它们。我检查 liblapack.so 并在其上构建一个 numpy 并加载 Python ctypes.cdll。我所有的工作都是为了解决特征值和特征向量......所以应该没问题......

(6) 您可能需要将 LD_LIBRARY_PATH 设置到您保存库文件的位置。 google一下...如果不是管理员设置的，那么

export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib

如果已经设置，那么

export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib:$LD_LIBRARY_PATH

覆盖您的默认库。

这样您就不会出现 ld 链接错误。祝你好运！！

在 lapack-3.7.0 中，SRC/Makefile 中有多余的行。只需删除它们即可解决您的错误。

【讨论】：

我遇到了一个 Makefile:386: *** 缺少分隔符。停止。使用此错误。
@AllanRuin 你检查过你的标签了吗？ makefile 内容的第二行需要距边距一个制表符（不是空格，制表符）..
你基本上抛弃了静态库来构建动态库。

【解决方案2】：

我建议使用 OpenBLAS。

> git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git
> make
> make make --PREFIX=INSTALL_DIR install

将库从 OpenBLAS 移动到 /usr/lib64

> cp /path/to/OpenBLAS/lib/* /usr/lib64/

然后进入octave安装路径运行

> "your specific flags" ./configure "your specific arguments" --with-blas="-lopenblas"

【讨论】：