在R中绘制范围受限的多系列数据？答案

【问题标题】：Plotting multiseries data with restricted range in R?在R中绘制范围受限的多系列数据？
【发布时间】：2020-10-25 03:52:30
【问题描述】：

作为参考，这是我的数据的样子：

   ID              ABCA2       ABCA3      ABCA5
1  A1         0.04146778 -0.10448552  0.1917801
2  A2         0.10223063  0.03305589  0.1465377
3  A3        -0.12581648  0.09651400 -0.1105879

我有点迷茫，因为我试图获得一个 y 轴有界 [0,1] 范围的分类散点图（类别是 A1 等 ID）。基本上看起来像这样的东西。如何使用 ggplot2 等 R 函数执行此操作？我有 769 个类别，每个类别有 18000 个数据点

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 data-visualization categorical-data

【解决方案1】：

我假设您要绘制所有点，无论它们是否属于ABCA2、ABCA3、ABCA5 等。

假设您的数据框名为df，除了ID 和ABCA_ 形式的变量之外没有其他变量。然后，您可以将所有这些 ABCA_ 子组收集到一列中：

tidyr::gather(df, key = "ABCA_group", value = "value", -ID)

#   ID   ABCA_group       value
# 1 A1        ABCA2  0.04146778
# 2 A2        ABCA2  0.10223063
# 3 A3        ABCA2 -0.12581648
# 4 A1        ABCA3 -0.10448552
# 5 A2        ABCA3  0.03305589
# 6 A3        ABCA3  0.09651400
# 7 A1        ABCA5  0.19178010
# 8 A2        ABCA5  0.14653770
# 9 A3        ABCA5 -0.11058790

现在我们可以通过管道将其输入ggplot 以获得分类散点图（带有一点水平抖动），并将 y 轴限制为 [0, 1]（这将删除像 -0.12581648 这样的值）。确保事先library(dplyr) 获取管道操作员%>%。

tidyr::gather(df, key = "ABCA_group", value = "value", -ID) %>%
  ggplot(aes(x = ID, y = value)) +
    geom_jitter(color = "red", width = 0.05) +
    ylim(c(0, 1))

# Warning message:
# Removed 3 rows containing missing values (geom_point).

我假设您不会同时在 x 轴上绘制所有 769 个类别，因此您可以通过在 tidyr::gather 和 ggplot 之间添加额外的过滤步骤来仅选择其中的一个子集：

tidyr::gather(...) %>%
   dplyr::filter(ID %in% c("A1", "A2")) %>%
   ggplot(...)

【讨论】：