【问题标题】:ggplot stacked bar plot with x value and no y/fill valueggplot 堆积条形图,带有 x 值且没有 y/填充值
【发布时间】:2014-08-19 15:32:16
【问题描述】:

我正在尝试制作一个堆积条形图,其中 X 轴是时间,Y 轴是数量,填充颜色是某些特征。

我的数据如下所示:

    > base
  Number                                         Mut Time Percent
1   117                                    22:A->G     2   81.81
2    13                                    24:G->A     2    9.09
3    10 22:A->G 24:G->A 108:G->A 158:G->A 162:G->A     2    6.99
4     1                            22:A->G 24:G->A     2    0.69
5    32                                    24:G->A     3   94.11
6     1                           24:G->A 162:G->T     3    2.94
7     1                            24:G->A 82:G->T     3    2.94

当我使用代码在 ggplot 中制作堆积条形图时:

ggplot(base,aes(x = Time, fill = Mut, y = Percent)) +  geom_bar(stat='identity') + theme(legend.key.size = unit(.5, "cm")) + ylab("Number")

我得到一个看起来像这样的图表:

http://imgur.com/32XCkTm,yfCAJsx#0

我的问题是我希望 time = 1 和 time = 4 的值为零。

类似的东西:

http://imgur.com/32XCkTm,yfCAJsx#1

有什么办法可以做到这一点吗?现在我刚刚在数据中添加了 0 个值,时间为 1 和 4,并将我的填充特征(Mut)添加为已经出现在数据中的特征:

> base
  Reads                                         Mut Time Percent
1     0                                    22:A->G     1    0.00
2   117                                    22:A->G     2   81.81
3    13                                    24:G->A     2    9.09
4    10 22:A->G 24:G->A 108:G->A 158:G->A 162:G->A     2    6.99
5     1                            22:A->G 24:G->A     2    0.69
6    32                                    24:G->A     3   94.11
7     1                           24:G->A 162:G->T     3    2.94
8     1                            24:G->A 82:G->T     3    2.94
9     0                                    22:A->G     4    0.00

我的问题是我不想继续搜索数据中已经存在的特征(Mut)。有没有办法让 ggplot 自动为 time=1 和 time =4 放置 x 值,没有条形图,而无需向数据添加值?我一直在寻找几个小时,但找不到任何答案。

谢谢。

【问题讨论】:

  • 只要把“时间”作为一个因素。 base$Time <- factor(base$Time, levels=1:4)。这样ggplot 将“知道”缺失值。
  • 这也很好用,谢谢!

标签: r ggplot2


【解决方案1】:

添加+ scale_x_discrete(limits = 1:4)

【讨论】:

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