如何在 GGally::ggpairs 中使用 wrap 函数使用 loess 方法

Question

我正在尝试复制 Coursera R 回归模型课程中给出的这个简单示例：

require(datasets)
data(swiss)
require(GGally)
require(ggplot2)
ggpairs(swiss, lower = list(continuous = "smooth", params = c(method = "loess")))

我希望看到一个 6x6 对图 - 一个散点图，对于瑞士数据中 6 个变量的每个组合，黄土更平滑且置信区间。

但是，我收到以下错误：

display_param_error() 中的错误：“params”是一个已弃用的参数。 请“包装”该函数以提供参数。帮助（“包装”，包= "GGally")

我查看了ggpairs() 和wrap() 帮助文件，并尝试了wrap() 和wrap_fn_with_param_arg() 函数的许多排列。

我可以让它按预期工作：

ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth")))

但是一旦我添加了黄土部分，它就没有了：

ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth"), method = wrap("loess")))

当我尝试上面的行时，我得到了这个错误。

值[3L] 中的错误：以下 ggpair 绘图函数 随时可用：连续：c('points', 'smooth', 'density', 'cor', 'blank') 组合：c('box', 'dot', 'facethist', 'facetdensity', 'denstrip', 'blank') 离散：c('ratio', 'facetbar', 'blank') na: c('na', '空白')

diag 连续：c('densityDiag', 'barDiag', 'blankDiag') diag 离散：c('barDiag', 'blankDiag') 诊断 na: c('naDiag', 'blankDiag')

你也可以提供你自己的函数，遵循 api 功能（数据，映射，...）{。 . . } 并返回一个 ggplot2 图 对象例如：my_fn

提供的功能：黄土

显然我在错误的地方进入黄土。谁能帮我理解如何添加黄土部分？

请注意，我的问题与 this one 不同，因为我正在询问如何在 ggpairs 中实现 loess，因为 params 参数已被弃用。

非常感谢。

Answer 1

一种快速的方法是编写自己的函数...下面的函数是根据您的问题中的ggpairs 错误消息提供的函数编辑的

library(GGally)
library(ggplot2)    
data(swiss)

# Function to return points and geom_smooth
# allow for the method to be changed
my_fn <- function(data, mapping, method="loess", ...){
      p <- ggplot(data = data, mapping = mapping) + 
      geom_point() + 
      geom_smooth(method=method, ...)
      p
    }

# Default loess curve    
ggpairs(swiss[1:4], lower = list(continuous = my_fn))

# Use wrap to add further arguments; change method to lm
ggpairs(swiss[1:4], lower = list(continuous = wrap(my_fn, method="lm")))

---

这也许可以对传递给每个 geon_ 的参数提供更多控制

  my_fn <- function(data, mapping, pts=list(), smt=list(), ...){
              ggplot(data = data, mapping = mapping, ...) + 
                         do.call(geom_point, pts) +
                         do.call(geom_smooth, smt) 
                 }

# Plot 
ggpairs(swiss[1:4], 
        lower = list(continuous = 
                       wrap(my_fn,
                            pts=list(size=2, colour="red"), 
                            smt=list(method="lm", se=F, size=5, colour="blue"))))

Answer 2

可能你正在学习 Coursera 在线课程 Regression Models 并尝试将课程给出的 Rmarkdown 文件转换为 html 文件，和我一样遇到这个错误。

我尝试的方式是：

require(datasets); data(swiss); require(GGally); require(ggplot2)
g = ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth", method = "lm")))
g

您也可以尝试使用method="loess"，但结果看起来与讲座中给出的有点不同。 method = "lm" 在我看来可能更合适。

Answer 3

我也怀疑你在上 Coursera 的课程。 不过，我找不到任何包含 ggplot 示例的 github 存储库。

为了让它发挥作用，我做了以下工作：

gp = ggpairs(swiss, lower = list(continuous = "smooth"))
gp