Pyplot 散点图到等高线图

Question

我正在使用 pyplot 从 python 中的数千个点制作散点图。我的问题是他们倾向于集中在一个地方，而这只是一个巨大的点。

是否有某种功能可以使 pyplot 绘图点达到某个临界密度，然后使其成为等高线图？

我的问题类似于this one，示例图有等高线，其中颜色代表绘制点的密度。

这就是我的数据的样子

Answer 1

首先，您需要对数据进行密度估计。根据你选择的方法，可以得到varying result。

假设你想做高斯密度估计，基于scipy.stats.gaussian_kde的例子，你可以得到密度高度：

def density_estimation(m1, m2):
    X, Y = np.mgrid[xmin:xmax:100j, ymin:ymax:100j]                                                     
    positions = np.vstack([X.ravel(), Y.ravel()])                                                       
    values = np.vstack([m1, m2])                                                                        
    kernel = stats.gaussian_kde(values)                                                                 
    Z = np.reshape(kernel(positions).T, X.shape)
    return X, Y, Z

然后，您可以使用contour 来绘制它

X, Y, Z = density_estimation(m1, m2)

fig, ax = plt.subplots()                   

# Show density 
ax.imshow(np.rot90(Z), cmap=plt.cm.gist_earth_r,                                                    
          extent=[xmin, xmax, ymin, ymax])

# Add contour lines
plt.contour(X, Y, Z)                                                                           

ax.plot(m1, m2, 'k.', markersize=2)    

ax.set_xlim([xmin, xmax])                                                                           
ax.set_ylim([ymin, ymax])                                                                           
plt.show()

作为替代方案，您可以根据here 所示的密度更改标记颜色。