从 R 下关闭与 Julia 的连接答案

【问题标题】：Close connections to Julia from under R从 R 下关闭与 Julia 的连接
【发布时间】：2020-07-14 23:24:24
【问题描述】：

在我的R 代码中，我使用MixedModels Julia 包。
我使用JuliaCall 包将Julia 集成到R 中。
我使用非常大的数据集（~1 GB、~4x10^6 观察结果）并且在建模步骤（mixed models）分配了很多 RAM（~80 GB），其中大部分在结束后不会返回系统的计算。

在R 环境中获得建模结果后，如何关闭Julia 下的连接（或关闭Julia）？同时，R 会话不应中断，因为在计算完混合模型后，其他函数应在管道中执行。
此操作可以帮助向系统释放一定量的内存（我在纯 Julia 上运行代码，在 Julia 退出后大约 70 GB 被返回给操作系统。当我在 R 上运行代码时，Julia 占用的 RAM 在管道计算后不会返回给操作系统已完成）
（平台：x86_64-pc-linux-gnu）。

【问题讨论】：

这个问题似乎和你使用 JuliaCall 的方式有关。如果没有最少的工作示例，可能很难提供建议。

标签： r connection julia mixed-models

【解决方案1】：

如果您将 R 中的 Julia 代码作为函数调用，则可以将已计算的参数元组返回给 R，而不需要数据。如果是这样，那么，在从 Julia 返回之前，您可以将所有对数据和其他大内存引用变量的引用设置为 0，然后收集垃圾，例如。如果

a = rand(1000, 1000, 100)
a = 0  # destroy reference since Julia reference counts

然后手动调用垃圾收集器：

GC.gc()

这假设您不再需要 Julia 变量引用的内部数据，如果您想要的只是模型的参数，这很可能。

【讨论】：

如果从 R 调用会搞乱垃圾收集，那么这是一个错误。我想您可以将 R 数据写入 CSV 文件并通过 R 中的 exec() 运行 julia 程序，让 Julia 从 CSV 读取数据并将参数写入另一个文件，然后从 R 读取。