闪亮的部署错误：在安装包“lwgeom”时将 GEOS 升级到 3.6.0 或更高版本

Question

我有一个闪亮的应用程序在我的电脑上运行良好。我使用包sf、leaflet 和tmap。其中之一需要包lwgeom 作为依赖项。在安装包lwgeom 时，闪亮的部署给了我以下错误消息。 GEOS 是什么？以及如何将GEOS 升级到 3.6.0 或更高版本？

Building R package: lwgeom (0.2-4)

/mnt/packages/build /mnt

* installing to library ‘/opt/R/4.0.0/lib/R/library’

* installing *source* package ‘lwgeom’ ...

** package ‘lwgeom’ successfully unpacked and MD5 sums checked

** using staged installation

configure: CC: gcc

configure: CXX: g++ -std=gnu++11

configure: pkg-config proj exists, will use it

configure: PROJ: 4.9.2

checking for pj_init_plus in -lproj... yes

checking PROJ: epsg found and readable... yes

configure: POSTGIS_PROJ_VERSION: 49

checking for geos-config... /usr/bin/geos-config

checking geos-config usability... yes

configure: GEOS: 3.5.1

checking GEOS version >= 3.6.0... no

configure: error: upgrade GEOS to 3.6.0 or later

ERROR: configuration failed for package ‘lwgeom’

* removing ‘/opt/R/4.0.0/lib/R/library/lwgeom’

################################# End Task Log ################################# 
Error: Unhandled Exception: Child Task 741115836 failed: Error building image: Error building lwgeom (0.2-4). Build exited with non-zero status: 1
Execution halted  

Answer 1

来自lwgeom readme：

lwgeom 依赖于sf，必须先安装。该软件包使用 liblwgeom 库，并编译了 liblwgeom 的已发布（和修改）版本。它链接到 GEOS 和 PROJ 库。

要从源安装，从源安装sf就足够了；此包（PROJ、GEOS）的资源正在被重复使用。

来自sf homepage

R 的简单功能

一个为 R 提供简单功能访问的包。包 sf：

[剪辑]

• 与GEOS 的接口以支持包括DE9-IM 在内的几何运算

这应该回答您的“GEOS 是什么？”问题，但您可能想访问GEOS homepage 以获得更长的版本。

无论如何，您似乎是在 Linux 上从源代码构建 lwgeom，所以请阅读 its install-from-source instructions。您可能想要升级libgeos-dev 系统包，但升级过程取决于您的Linux 发行版。让我再次引用sf 主页，假设您正在运行 Ubuntu 作为您的发行版：

Ubuntu

[剪辑]

但是，为了获得 GDAL 等更多最新版本的依赖项，我们建议将 ubuntugis-unstable PPA 添加到包存储库并按如下方式安装它们：

sudo add-apt-repository ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
sudo apt-get update
sudo apt-get install libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev 

（很明显，不同的发行版需要不同的方法来安装/升级系统包）

Answer 2

更新： 我通知了 shinyapps.io，几周后他们升级到了 GEOS 3.8.0。所以，现在我的应用可以正常部署了。