ggplot2中的错误答案

【问题标题】：Error in ggplot2ggplot2中的错误
【发布时间】：2016-08-04 00:56:44
【问题描述】：

我正在尝试使用ggplot2 绘制集群，但出现以下错误

错误：ggplot2 不知道如何处理类因子的数据

我的数据是

samp2

structure(list(PVALUE1 = c(0.000244, 0.000244, 0.001221, 0.000244, 
0.000732, 0.000244), PVALUE2 = c(0.000244, 0.000732, 0.000732, 
0.000732, 0.001953, 0.000244), PVALUE3 = c(0.000244, 0.001953, 
0.001221, 0.000244, 0.000244, 0.000244), PVALUE4 = c(0.000732, 
0.000244, 0.000732, 0.000732, 0.001221, 0.000244), PVALUE5 = c(0.000244, 
0.000244, 0.001221, 0.000732, 0.005859, 0.000244), PVALUE6 = c(0.000244, 
0.00293, 0.001221, 0.303711, 0.00293, 0.000244), PVALUE7 = c(0.000244, 
0.00293, 0.000244, 0.000732, 0.000732, 0.000244), PVALUE8 = c(0.000244, 
0.001221, 0.000732, 0.000244, 0.001953, 0.000244), PVALUE9 = c(0.000244, 
0.000732, 0.000732, 0.000732, 0.00293, 0.000244), PVALUE10 = c(0.000732, 
0.01416, 0.000732, 0.001953, 0.001221, 0.000244), PVALUE11 = c(0.000244, 
0.000732, 0.000732, 0.005859, 0.001953, 0.000244), cluster = structure(c(2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("1", "2"), class = "factor")), .Names = c("PVALUE1", 
"PVALUE2", "PVALUE3", "PVALUE4", "PVALUE5", "PVALUE6", "PVALUE7", 
"PVALUE8", "PVALUE9", "PVALUE10", "PVALUE11", "cluster"), row.names = c("A2M", 
"AAAS", "AACS", "AADAT", "AAGAB", "AAK1"), class = "data.frame")

中心是

centers

PVALUE1    PVALUE2    PVALUE3   PVALUE4    PVALUE5    PVALUE6    PVALUE7    PVALUE8
1 0.49755105 0.56381653 0.56706751 0.5336074 0.54674859 0.54398645 0.56531453 0.58162957
2 0.03481979 0.04874772 0.05312517 0.0447989 0.04720369 0.05724064 0.05257442 0.06362684
     PVALUE9   PVALUE10   PVALUE11
1 0.56174089 0.59716210 0.53878320
2 0.04778373 0.06540369 0.04371612

我使用的代码是

ggplot(data=head(samp2$cluster), aes(x=principal_comp1, y=principal_comp2, color=cluster )) + 
  geom_point()+
  geom_point(data=centers, aes(x=V1,y=V2, color='Center')) +
  geom_point(data=centers, aes(x=V1,y=V2, color='Center'), size=52, alpha=.2)

如何使它工作。

【问题讨论】：

ggplot2 接受数据输入为 data.frane，因此您需要将列表转换为数据框

标签： r ggplot2 cluster-analysis

【解决方案1】：

问题是您在ggplot 中的数据只是一列而不是整个data.frame。然后你正在调用不存在的列。这应该修复了情节的第一部分。

ggplot(data=samp2, aes(x=PVALUE1, y=PVALUE2, color=cluster )) + 
  geom_point()

要添加中心，您需要使用 data.frame 中的列名称。设置 color = "centre" 将为所有中心提供相同的颜色。将簇号添加到 data.frame 作为一个因素并使用它

【讨论】：

我不能一次绘制所有列吗？
怎么样？ 9D 散点图？为什么？您的 PCA 应该在前几个轴中提取数据中最重要的变化轴：这些是您要绘制的轴。 PCA9 很少有趣。