在没有实际作业文件的情况下提交 qsub 作业的语法？答案

【问题标题】：Syntax for submitting a qsub job without an actual job file?在没有实际作业文件的情况下提交 qsub 作业的语法？
【发布时间】：2026-01-30 07:25:01
【问题描述】：

我想在不创建离散作业文件的情况下即时提交 qsub 作业。所以，假设我有一个名为“get_time.py”的python 脚本，它只报告时间。而不是像这样制作提交脚本：

cat>job.sub<<eof
    #PBS -l walltime=1:00:00
    cd $PBS_O_WORKDIR
    get_time.py
eof

...然后提交作业：qsub job.sub

我希望能够绕过文件创建步骤，并且我希望构造如下所示： qsub -d . -e get_time.py

-e 是我的虚构参数，它告诉 qsub 以下是要发送到调度程序的代码，而不是使用离散的提交文件。

我疯了吗？似乎应该已经有一个简单的解决方案，但我在任何地方都找不到。感谢您的任何建议！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

如果您可以在 HERE 文档中编写工作，如您的示例所示，您可以将该 HERE 文档直接传递给 qsub，而无需临时文件：

qsub <<eof
    #PBS -l walltime=1:00:00
    cd \$PBS_O_WORKDIR
    get_time.py
eof

另请注意，您需要对$PBS_O_WORKDIR 中的美元符号进行转义，否则它将在提交作业之前被插值并最终成为一个空字符串。

【讨论】：

知道如何以这种方式传递脚本参数吗？如果我执行qsub $arg1 <<eof，我会收到一个错误，因为 qsub 尝试评估 arg1，就好像它是输入文件一样，并且 - 语法不起作用，例如qsub - $arg1 <<eof
您可以将任何您喜欢的代码放入 HERE 文档中。只需将 arg1 放在 get_time.py 之后即可。
对，但这不适用于 qsub 特定项目，如 $NSLOTS，直到 qsub 运行后才存在；它被heredoc评估为一个空字符串。但是我通过在heredoc中转义它来解决这个问题； \$NSLOTS。您还可以转义文件字符串以防止所有扩展，例如<<"EOF"。 tldp.org/LDP/abs/html/here-docs.html
是的，没错，heredoc 中的任何变量都将在提交之前进行插值，而不是在提交之后，除非您按照您的描述将它们转义。（实际上，我应该编辑我的答案以反映这一点。）

【解决方案2】：

在提供所有选项（-d . 等）后，您可以将任何可执行脚本/文件的名称传递给 qsub。脚本名称之后的任何参数都被视为该脚本的参数。例如，如果我有脚本 test.py:

#!/usr/bin/python
from sys import argv
script, param = argv
print param

那我可以跑了

qsub test.py 2

我的日志输出将是2。

需要注意的两个重要事项：

【讨论】：

这就是我的想法。但是，我有一个 python 脚本，它具有权限 -rwxr-xr-x 和 shebang 行#!/usr/bin/env python2.7 和 qsub 对于qsub -N test_script -o logs -e logs -V -cwd /path/to/script.py 失败。我该如何解决这个问题？
是的，在 OGS/GE 2011.11p1 上对我也不起作用

【解决方案3】：

在 Grid Engine 中，-by y 指定要执行的东西是二进制文件，而不是脚本：

qsub -b y get_time.py

【讨论】：

【解决方案4】：

我不明白这个问题，但是...

echo 'date' | qsub

不适合你？

【讨论】：

【解决方案5】：

如果get_time.py是可执行的，而且shebang是正确的，你应该可以简单运行

qsub -d . get_time.py

如果由于任一原因失败，您可以使用以下构造

qsub -d . <<< "python get_time.py"

【讨论】：