Foreach 代码适用于 %do% 但不适用于 %dopar%答案

【问题标题】：Foreach code works for %do% but not for %dopar%Foreach 代码适用于 %do% 但不适用于 %dopar%
【发布时间】：2016-05-20 00:29:24
【问题描述】：

这在我的电脑上正常工作：

registerDoSNOW(makeCluster(2, type = "SOCK"))

foreach(i = 1:M,.combine = "c") %dopar% {

  sum(rnorm(M))
  }

所以我可以说我可以在这台计算机上运行并行代码，对吧？

好的。我有一段代码希望与 foreach 并行运行。当它用 %do% 编写时它运行完美，但当我将它更改为 %dopar% 时它不能正常工作。（PS：我已经用registerDoSNOW(makeCluster(2, type = "SOCK"))初始化了集群，方法和之前一样。）

我对代码的主要兴趣是获取向量u.varpred。我用 %do% 很好地得到了它，但是当我用 %dopar% 运行它时，向量是一个 NULL。

这是正确运行所需代码的循环。它使用 geoR 包中的函数。

#you can pretty much ignore all this, it's just preparation for the loop
N=20
NN=10 

set.seed(111);
datap <- grf(N, cov.pars=c(20, 5),nug=1) 

grid.o <- expand.grid(seq(0, 1, l=100), seq(0, 1, l=100))
grid.c <- expand.grid(seq(0, 1, l=NN), seq(0,1, l=NN)) 

beta1=mean(datap$data)
emv<- likfit(datap, ini=c(10,0.4), nug=1) 
krieging <- krige.conv(datap, loc=grid.o,
                       krige=krige.control(type.krige="SK", trend.d="cte",
                                           beta =beta1, cov.pars=emv$cov.pars))



names(grid.c) = names(as.data.frame(datap$coords))
list.geodatas<-list()
valores<-c(datap$data,0)
list.dataframes<-list()

list.krigings<-list(); i=0; u.varpred=NULL;

#here is the foreach code
t<-proc.time()
foreach(i=1:length(grid.c[,1]), .packages='geoR') %do% {
  list.dataframes[[i]] <- rbind(datap$coords,grid.c[i,]);
  list.geodatas[[i]] <- as.geodata(data.frame(cbind(list.dataframes[[i]],valores)))
  list.krigings[[i]] <- krige.conv(list.geodatas[[i]], loc=grid.o,
                                   krige=krige.control(type.krige="SK", trend.d="cte",
                                                       beta =beta1, cov.pars=emv$cov.pars));
  u.varpred[i] <- mean(krieging$krige.var - list.krigings[[i]]$krige.var)
  list.dataframes[[i]]<-0 #i dont need those objects anymore but since they
  # are lists i dont want to put <-NULL as it'll ruin their ordering
  list.krigings[[i]]<- 0 
  list.geodatas[[i]] <-0
}
t<-proc.time()-t
t

您可以检查它是否运行良好（前提是您有以下软件包：geoR、foreach 和 doSNOW）。但是一旦我使用了registerDoSNOW(......) 和%dopar%，u.varpred 就会变成 NULL。

请大家看看我是不是在 foreach 语句/过程中犯了错误，还是只是代码不能并行？（我认为可以，因为任何给定的迭代都不依赖于它之前的任何迭代..）

很抱歉，代码和这个问题都太长了。提前感谢您抽出宝贵时间阅读。

【问题讨论】：

标签： r foreach

【解决方案1】：

我的朋友直接帮助了我。这是它的一种工作方式：

    u.varpred <- foreach(i = 1:length(grid.c[,1]), .packages = 'geoR', .combine = "c") %dopar% {
  list.dataframes[[i]] <- rbind(datap$coords,grid.c[i,]);
  list.geodatas[[i]] <- as.geodata(data.frame(cbind(list.dataframes[[i]],valores)));
  list.krigings[[i]] <- krige.conv(list.geodatas[[i]], loc = grid.o,
                        krige = krige.control(type.krige = "SK", trend.d = "cte",
                        beta = beta1, cov.pars = emv$cov.pars));
  u.varpred <- mean(krieging$krige.var - list.krigings[[i]]$krige.var);
  list.dataframes[[i]] <- 0; 
  list.krigings[[i]] <- 0;
  list.geodatas[[i]] <- 0;
  u.varpred #this makes the results go into u.varpred
}

他举了一个例子说明为什么这样做：

a <- NULL
foreach(i = 1:10) %dopar% {
  a <- 5
}
print(a)
# a is still NULL

a <- NULL
a <- foreach(i = 1:10) %dopar% {
  a <- 5
  a
}
print(a)
#now it works

希望这对任何人都有帮助。

【讨论】：