将轴标题移向绘图并保留组合矩阵标签答案

【问题标题】：Move axis title towards plot and keep combmatrix labels将轴标题移向绘图并保留组合矩阵标签
【发布时间】：2021-10-06 04:15:16
【问题描述】：

我正在尝试将 y 轴标题移向刻度。但是，如果不切断组合矩阵标签，我会遇到麻烦。我已经尝试过 ggupset 和 ggplot 函数。请参阅下面的代表。

感谢您的帮助！

library(dplyr)
library(ggupset)
library(ggplot2)

tidy_pathway_member <- 
  gene_pathway_membership %>%
  as_tibble(rownames = "Pathway") %>%
  tidyr::gather(Gene, Member, -Pathway) %>%
  filter(Member) %>%
  select(- Member)

g <-
  tidy_pathway_member %>%
  group_by(Gene) %>%
  summarize(Pathways = list(Pathway)) %>%
  ggplot(aes(x = Pathways)) +
  geom_bar() +
  scale_x_upset()

g

g +
  # Moves axis title towards ticks...but cuts off labels
  theme_combmatrix(combmatrix.label.make_space = FALSE)

g +
  # Also, moves axis title towards ticks...but cuts off labels
  theme(axis.title.y = element_text(margin = margin(r = -100)))

^{由reprex package (v2.0.0) 于 2021 年 7 月 30 日创建}

【问题讨论】：

与您的数据或样本分享dput()

标签： r ggplot2 upsetr upsetplot

【解决方案1】：

这可以通过一种棘手的方式完成。

解决方法是隐藏y轴标题，在目标位置添加带有annotate()的文字。

由于您没有提供您的数据，我将在示例中显示它。

原图：

ggplot(data = diamonds, mapping = aes(x = clarity)) + geom_bar(aes(fill = cut))

用annotate 代替y 轴标题的版本：

ggplot(data = diamonds, mapping = aes(x = clarity)) + geom_bar(aes(fill = cut)) +
  theme(axis.title.y=element_blank()) + annotate(geom = "text", x = -0.2, y = 6500, label = "count", angle = 90, size=4) + 
  coord_cartesian(xlim = c(1, 8), clip = "off")

您只需要在coord_cartesian 中设置适当的x 和y 坐标和xlim。

【讨论】：

感谢您的解决方法建议。如果有 ggupset 原生的解决方案，那就太好了。数据随包自带，所以ggupset:: gene_pathway_membership
不幸的是，annotate 不能与 ggupset 一起工作，我相信，由于特殊的 x 轴。还有其他建议吗？ “f(..., self = self) 中的错误：美学 'x' 的 scale_upset 错误。'x' 必须是列表类型。目前是：字符”

【解决方案2】：

像这样？

library(dplyr)
library(ggupset)
library(ggplot2)

tidy_pathway_member <- 
  gene_pathway_membership %>%
  as_tibble(rownames = "Pathway") %>%
  tidyr::gather(Gene, Member, -Pathway) %>%
  filter(Member) %>%
  select(- Member)

g <-
  tidy_pathway_member %>%
  group_by(Gene) %>%
  summarize(Pathways = list(Pathway)) %>%
  ggplot(aes(x = Pathways)) +
  geom_bar() +
  scale_x_upset() +
  # the exact vjust number needed may vary depending on the plotting area size
  theme(axis.title.y = element_text(vjust=-30))

g

顺便说一句，原则上相同的解决方案应该适用于 ComplexUpset。

【讨论】：