我应该如何处理“package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)”警告？答案

【问题标题】：How should I deal with "package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)" warning?我应该如何处理“package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)”警告？
【发布时间】：2013-03-18 08:43:48
【问题描述】：

我尝试安装一个包，使用

install.packages("foobarbaz")

但收到警告

Warning message:
package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

为什么 R 不认为包可用？

另请参阅有关此问题的具体实例的这些问题：

【问题讨论】：

请注意，使用 RStudio 时，从 CRAN 以外的其他存储库安装时也会收到此警告。这是我已经报告过几次的错误，但我不知道它是否已经排序。

标签： r installation repository package r-faq

【解决方案1】：

1.你不会拼写

首先要测试的是你是否正确拼写了包名？包名在 R 中是区分大小写的。

2。您没有查看正确的存储库

接下来，您应该检查该软件包是否可用。类型

setRepositories()

另见?setRepositories。

查看 R 将在哪些存储库中查找您的包，并可选择选择一些其他存储库。至少，您通常希望选择 CRAN，如果您使用 Windows，则选择 CRAN (extras)，如果您进行任何生物学分析，则选择 Bioc* 存储库。

要永久更改此设置，请将setRepositories(ind = c(1:6, 8)) 之类的行添加到您的Rprofile.site 文件中。

3.该软件包不在您选择的存储库中

使用返回所有可用的包

ap <- available.packages()

另请参阅Names of R's available packages、?available.packages。

由于这是一个大矩阵，您可能希望使用数据查看器来检查它。或者，您可以通过测试行名来快速检查包是否可用。

View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)

或者，可以在浏览器中查看CRAN、CRAN (extras)、Bioconductor、R-forge、RForge 和 GitHub 的可用软件包列表。

与 CRAN 镜像交互时您可能会收到的另一个警告消息是：

Warning: unable to access index for repository

这可能表明所选的 CRAN 存储库当前不可用。您可以使用chooseCRANmirror() 选择不同的镜像并再次尝试安装。

软件包不可用的原因有多种。

4.你不想要一个包裹

也许你真的不想要一个包裹。很容易混淆a package and a library 或包和数据集之间的区别。

包是扩展 R 的材料的标准化集合，例如提供代码、数据或文档。库是 R 知道可以找到它可以使用的包的地方（目录）

要查看可用数据集，请键入

data()

5. R 或 Bioconductor 已过时

它可能依赖于更新版本的 R（或它导入/依赖的包之一）。看看

ap["foobarbaz", "Depends"]

并考虑将您的 R 安装更新到当前版本。在 Windows 上，这很容易通过 installr 包完成。

library(installr)
updateR()

（当然，您可能需要先install.packages("installr")。）

对于 Bioconductor 软件包，您可能需要更新您的 Bioconductor 安装。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")

6.包已过期

它可能是archived（如果它不再维护并且不再通过R CMD check 测试）。

在这种情况下，您可以使用 install_version() 加载旧版本的包

library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")

另一种方法是从 GitHub CRAN 镜像安装。

library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")

7.没有 Windows/OS X/Linux 二进制文件

它可能没有Windows binary，因为它需要 CRAN 没有的其他软件。此外，某些软件包只能通过某些或所有平台的源获得。在这种情况下，CRAN (extras) 存储库中可能有一个版本（参见上面的setRepositories）。

如果包需要编译代码（例如 C、C++、FORTRAN），则在 Windows 上安装 Rtools 或在 OS X 上安装 developer tools 随附的 XCode，并通过以下方式安装包的源版本：

install.packages("foobarbaz", type = "source")

# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")

在 CRAN 上，您可以通过查看描述中的 NeedsCompilation 标志来判断是否需要特殊工具从源代码构建包。

8.该软件包位于 GitHub/Bitbucket/Gitorious

它可能在 GitHub/Bitbucket/Gitorious 上有一个存储库。这些包需要安装remotes 包。

library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")

（与installr一样，您可能需要先install.packages("remotes")。）

9.包没有源版本

虽然您的软件包的二进制版本可用，但源版本不可用。您可以通过设置关闭此检查

options(install.packages.check.source = "no")

如this SO answer by imanuelc 和?install.packages 的详细信息部分所述。

10.该软件包位于非标准存储库中

您的包位于非标准存储库中（例如Rbbg）。假设它合理地符合 CRAN 标准，您仍然可以使用install.packages 下载它；您只需指定存储库 URL。

install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")

另一方面，RHIPE 不在类似 CRAN 的存储库中，并且有自己的 installation instructions。

【讨论】：

我认为值得一提的是installr 仅适用于 Windows

【解决方案2】：

在最新的 R (3.2.3) 中有一个错误，有时会阻止它找到正确的包。解决方法是手动设置存储库：

install.packages("lubridate", dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')

在other question找到解决方案

【讨论】：

怀疑是这样的。然而，这似乎是 r-studio 中的一个错误。我刚刚测试过，如果我只是从终端启动 R，我不需要设置存储库——仅从 r-studio 内启动。
在安装包rbokeh时对我不起作用。

【解决方案3】：

这个解决方案可能会破坏 R，但这是一个最简单的解决方案，它在 99% 的时间内都有效。

你需要做的只是：

install.packages('package-name',repos='http://cran.us.r-project.org')

正如作者在here上提到的那样

【讨论】：

【解决方案4】：

R 和libcurl 的某些版本似乎存在问题。我在Mac (R version 3.2.2) 和Ubuntu (R version 3.0.2) 上遇到了同样的问题，在这两种情况下，只需在install.packages 命令之前运行它就可以解决这个问题

options(download.file.method = "wget")

该解决方案是一位朋友提出的，但是我在任何论坛中都找不到它，因此将此答案提交给其他人。

【讨论】：

【解决方案5】：

11. R（或其他依赖项）已过期，您不想更新它。

警告这并不是最佳实践。

下载包源。
导航到DESCRIPTION 文件。
使用文本编辑器删除有问题的行，例如
```
Depends: R (>= 3.1.1)
```
从本地安装（即从DESCRIPTION 的父目录），例如
```
install.packages("foo", type="source", repos=NULL)
```

【讨论】：

通常说对 R 版本的依赖是有原因的，检查这种更改可能会破坏什么可能是明智的。
install.packages("local/pkg",repos=NULL) 就够了

【解决方案6】：

访问https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/。
使用Ctrl + F 找到您要安装的包
点击包名
确定要安装的版本
打开 RStudio
输入“install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/[NAME OF PACKAGE]/[VERSION NUMBER].tar.gz", repos = NULL, type="source")”

在某些情况下，你需要提前安装好几个包才能使用你想要使用的包。

例如，我需要安装7个包（Sejong，hash，rJava，tau，RSQLite，devtools，stringr）来安装KoNLP包。

install.packages('Sejong')
install.packages('hash')
install.packages('rJava')
install.packages('tau')
install.packages('RSQLite')
install.packages('devtools')
install.packages('stringr')

library(Sejong)
library(hash)
library(rJava)
library(tau)
library(RSQLite)
library(devtools)
library(stringr)

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/KoNLP/KoNLP_0.80.2.tar.gz", repos = NULL, type="source")
library(KoNLP)

【讨论】：

【解决方案7】：

发生在我身上的一件事是我的 linux 发行版提供的 R 版本（Ubuntu 14.04 提供的 R 版本 3.0.2）对于 CRAN 上可用的最新版本的软件包来说太旧了（在我的情况下，@ 987654322@ 版本 1.8.3 截至今天）。解决方案是使用我的发行版的打包系统，而不是尝试从 R 安装（apt-get install r-cran-plyr 让我获得了 plyr 的 1.8.1 版）。也许我可以尝试使用updateR() 更新 R，但我担心这样做会干扰我的发行版的包管理器。

编辑（2020 年 4 月 8 日）：在 CRAN 中更新软件包后，我最近遇到了一个问题，据报道我的 R 版本（3.6.3，Debian stretch 最新支持）不可用的软件包 (XML) .这是非常出乎意料的，因为我之前已经成功安装过它（在相同版本的 R 和相同的操作系统上）。

由于某种原因，该软件包仍然存在，但 install.packages 只查看更新（且不兼容）的版本。解决方法是找到兼容版本的网址，强制install.packages使用，如下：

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/XML/XML_3.99-0.3.tar.gz", repos=NULL, type="source", ask=FALSE)

【讨论】：

有关 Ubuntu 的问题，请查看自述文件：cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README
该解决方案适用于我的 debian，因为 mvtnorm 依赖于 mvtnorm。命令是apt-get install r-cran-mvtnorm

【解决方案8】：

这为我节省了大量调试问题的时间。在许多情况下，只是过时的镜子。此函数可以使用https://cran.rstudio.com/ 安装多个包及其依赖项：

packages <- function(pkg){
    new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])]
    if (length(new.pkg))
        install.packages(new.pkg, dependencies = TRUE, repos='https://cran.rstudio.com/')
    sapply(pkg, require, character.only = TRUE)
}

packages(c("foo", "bar", "baz"))

【讨论】：

【解决方案9】：

当我收到相同的警告时，我终于可以在 R-3.4.1 中安装 psych 包了

1：用 Google 搜索该软件包。

2：手动下载，扩展名为 tar.gz

3：在 R 中选择“Package Archive File (.zip;.tar.gz)”选项来安装包

4：本地浏览到下载的地方点击安装

您可能会收到警告：依赖项 'xyz' 不适用于软件包，然后首先从存储库中安装它们，然后执行步骤 3-4 .

【讨论】：

【解决方案10】：

从源代码安装 R 包时，我犯了一个错误，忘记输入repos=NULL。在这种情况下，错误消息有点误导：package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

问题不是 R 的版本，而是 repos 参数。我做了install.packages('path/to/source/code/of/foobarbaz', type='source', repos=NULL)，在这个场合对我有用。

希望这对某人有所帮助。

【讨论】：

当我尝试 install.packages('foobarbaz', repos=NULL) 我收到错误“ install.packages("pair", repos = NULL) 中的错误： type == "both" 不能与 'repos = NULL' 一起使用"
感谢您的评论 - 我想我忘了写 type="source" 参数，因为我提到我从源代码安装了这个包，我会编辑答案。

【解决方案11】：

我通过仔细遵循 instructions for installing R 在 Ubuntu 上修复了此错误。这包括：

将deb http://cran.utstat.utoronto.ca/bin/linux/ubuntu trusty/ 添加到我的/etc/apt/sources.list 文件中
正在运行sudo apt-get update
正在运行sudo apt-get install r-base-dev

对于第 1 步，如果您愿意，可以选择任何 CRAN 下载镜像来代替我在多伦多大学的下载镜像。

【讨论】：

这种方式确实解决了我的问题，但仍将我的 R 更新到最新版本（从 3.02 到 3.4）。如果你想更新你的 R，这是一个不错的方法。

【解决方案12】：

我遇到了同样的问题（在 Linux 上），可以通过更改代理设置来解决。如果您在代理服务器后面，请使用 R 中的Sys.getenv("http_proxy") 检查配置。在我的~/.Renviron 中，我有以下几行（来自https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200488488-Configuring-R-to-Use-an-HTTP-or-HTTPS-Proxy）导致问题：

http_proxy=https://proxy.dom.com:port
http_proxy_user=user:passwd

改成

http_proxy="http://user:passwd@proxy.dom.com:port"

解决了这个问题。您可以对https 执行相同操作。

当我读到“package xxx is not available for r version-x-y-z”时，这不是第一个想法......

HTH

【讨论】：

【解决方案13】：

另一个原因+解决方案

尝试在我公司 HPC 上的 RStudio 中安装 pkgdown 时遇到此错误（“包 XXX 不适用于 R 版本 X.X.X”）。

事实证明，他们在 HPC 上的 CRAN 快照是从 2018 年 1 月（差不多 2 年）开始的，当时确实不存在 pkgdown。这旨在为外行用户控制软件包的来源，但作为开发人员，您在大多数情况下可以通过以下方式进行更改：

## checking the specific repos you currently have
getOption("repos")

## updating your CRAN snapshot to a newer date
r <- getOption("repos")
r["newCRAN"] <- "https://cran.microsoft.com/snapshot/*2019-11-07*/"
options(repos = r)

## add newCRAN to repos you can use
setRepositories()

如果您知道自己在做什么，并且可能需要多个软件包，而这些软件包可能在您的系统的 CRAN 中不可用，您可以在您的项目 .Rprofile 中进行设置。

如果只是一个包，也许只使用install.packages("package name", repos = "a newer CRAN than your company's archaic CRAN snapshot")。

【讨论】：

【解决方案14】：

我发现 #6 package is out of date 与 @Richie Cotton 的优秀解决方案略有不同。

有时，包维护者可能会显示它不支持的 R 版本差距。在这种情况下，您至少有两个选择：1) 将您的 R 版本升级到目标包已经支持的下一个版本，2) 从可用的旧版本中安装最新版本，以便与您的 R 版本一起使用。

一个具体的例子：用于数据挖掘的包rattle 的最新 CRAN 版本 5.3.0 不支持 R 版本 3.4，因为它在包版本 5.2.0 (R >= 2.13.0) 之间有很大的更新和 5.3.0 (R >=3.5)。

在这种情况下，升级 R 安装的替代方案是已经提到的解决方案。安装包devtools，如果你没有它（它包括包remotes），然后安装将在你当前的R中工作的特定版本。你可以在CRAN页面上查找特定包档案的信息.

library("devtools")
install_version("rattle", version = "5.2.0", repos = "http://cran.us.r-project.org")

【讨论】：

【解决方案15】：

就我而言，解决方案是简单地升级 R。

【讨论】：

【解决方案16】：

当我使用 bioconductor 作为源然后调用 biocLite 时，它几乎总是对我有用。示例：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("preprocessCore")

【讨论】：

这仅适用于生物导体包，这也是必须安装生物导体包的方式。
@JorisMeys 在我看来，到目前为止我尝试安装的所有软件包都可以通过这种方法获得，但我主要将 R 用于生物信息学。
@JorisMeys 我不知道如何，但biocLite 能够透明地在 cran 上获取这些包并安装它们。我刚刚测试了dplyr（在 Xubuntu 16.04 上，如果重要的话）。希望尽可能避免混乱，我现在尝试“以相同的方式”安装所有软件包（目前使用biocLite）。
@bli 你是对的，我的立场是正确的。 biocLite 中的代码识别包的正确存储库，然后调用 install.packages() 进行实际安装。但它不起作用，因为您使用了biocLite。它之所以有效，是因为install.packages() 做了它应该做的事情。使用biocLite() 和install.packages() 之间没有区别，除了开销和biocLite() 默认情况下还会更新它认为必要的所有其他包。所以我仍然建议将install.packages() 用于非生物导体包装。
@bli 它不保证兼容性，它会将所有内容更新到最新版本（除非您输入suppressUpdates = TRUE）。这与调用update.packages() 然后install.packages() 相同。因为这就是 biocLite 在幕后所做的。

【解决方案17】：

另一个小补充，在尝试使用 docker 镜像 rocker/r-ver:3.1.0 测试旧 R 版本时

默认repos 设置为MRAN，这样获取很多包失败。
那个版本的R没有https，所以，例如： install.packages("knitr", repos = "https://cran.rstudio.com") 似乎有效。

【讨论】：

【解决方案18】：

如here（法语）所述，当您的计算机上安装了两个版本的 R 时，可能会发生这种情况。卸载最旧的，然后再次尝试安装包！对我来说效果很好。

【讨论】：