用树状图和样本标签绘制热图

Question

使用made4 的heatmap 函数，我从示例文件中制作了这个热图树状图：

data(khan)
heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red")

如何为热图边缘的样本添加一组标签，如图所示？

在这种情况下，标签是与热图第一列和顶行相邻的正方形，用于表示每个样本的标签，以便可以查看标签是否与热图/树状图显示的聚类相对应。在这个特定的情节中，他们选择使这些标签与树状图簇的颜色完全对应，但不一定要这样，我正在寻找一种方法来向样本中添加一个通用的列和行标签可能与应用树状图的特定阈值产生的聚类不对应。

heatmap 函数和khan 数据来自made4：

require(made4)

见http://www.bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/pages/made4/html/heatplot.html

我很高兴使用heatplot 的替代品来绘制相同的东西，即基于层次聚类的带有两个树状图的热图。 heatplot 只是一个例子。

当我尝试 heatmap.2 时，就像 @HeatherTurner 建议的那样，我得到了这张图片（不知道如何关闭矩阵上的行/列标签以减少聚集）：

热图看起来已损坏。下面是用一个小数据集重现这一点的代码：

require(gplots)
data(khan)
heatmap.2(as.matrix(khan$train[1:30,])

生成这个：

是什么导致了这些看起来损坏的热图？

更新：抱歉，我认为热图没有损坏，只是 trace 列导致青色线通过热图绘制。设置trace=none 可以解决问题。

ps 看起来 heatmap 有 RowSideCols，这可能是同一个参数？

Answer 1

试试gplots 包中的heatmap.2 函数，它有参数RowSideColors 和ColSideColors 来创建侧边栏。

如果这不能满足您的需求，heatmap.plus 包允许进一步定制，例如多色侧边栏。

Answer 2

在 R 中有一个名为“fheatmap”的新包。

cpan fheatmap

由于我是博客新手，所以无法发布图片。但请查看手册中的示例。