【发布时间】：2011-11-16 17:50:22
【问题描述】：
我正在使用HDF5 C++ API 编写二维数组数据集文件。 HDF 组有an example to create 一个来自静态定义数组大小的 HDF5 文件，我已经对其进行了修改以满足我的以下需求。但是，我需要一个动态数组，其中NX 和NY 都是在运行时确定的。我找到了another solution to create 2D arrays using the "new" keyword 来帮助创建一个动态数组。这是我所拥有的：
#include "StdAfx.h"
#include "H5Cpp.h"
using namespace H5;
const H5std_string FILE_NAME("C:\\SDS.h5");
const H5std_string DATASET_NAME("FloatArray");
const int NX = 5; // dataset dimensions
const int NY = 6;
int main (void)
{
// Create a 2D array using "new" method
double **data = new double*[NX];
for (int j = 0; j < NX; j++) // 0 1 2 3 4 5
{ // 1 2 3 4 5 6
data[j] = new double[NY]; // 2 3 4 5 6 7
for (int i = 0; i < NY; i++) // 3 4 5 6 7 8
data[j][i] = (float)(i + j); // 4 5 6 7 8 9
}
// Create HDF5 file and dataset
H5File file(FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC);
hsize_t dimsf[2] = {NX, NY};
DataSpace dataspace(2, dimsf);
DataSet dataset = file.createDataSet(DATASET_NAME, PredType::NATIVE_DOUBLE,
dataspace);
// Attempt to write data to HDF5 file
dataset.write(data, PredType::NATIVE_DOUBLE);
// Clean up
for(int j = 0; j < NX; j++)
delete [] data[j];
delete [] data;
return 0;
}
但是，生成的文件与预期不符（hdf5dump 的输出）：
HDF5 "SDS.h5" {
GROUP "/" {
DATASET "FloatArray" {
DATATYPE H5T_IEEE_F64LE
DATASPACE SIMPLE { ( 5, 6 ) / ( 5, 6 ) }
DATA {
(0,0): 4.76465e-307, 4.76541e-307, -7.84591e+298, -2.53017e-098, 0,
(0,5): 3.8981e-308,
(1,0): 4.76454e-307, 0, 2.122e-314, -7.84591e+298, 0, 1,
(2,0): 2, 3, 4, 5, -2.53017e-098, -2.65698e+303,
(3,0): 0, 3.89814e-308, 4.76492e-307, 0, 2.122e-314, -7.84591e+298,
(4,0): 1, 2, 3, 4, 5, 6
}
}
}
}
问题源于 2D 数组的创建方式（因为此示例适用于静态数组方法）。据我了解this email thread：
HDF5 库需要一个连续的元素数组，而不是 指向低维元素的指针
由于我对 C++/HDF5 比较陌生，我不确定如何在运行时创建一个动态大小的数组，它是一个连续的元素数组。我不想做电子邮件线程中描述的更复杂的“hyperslab”方法，因为这看起来过于复杂。任何帮助表示赞赏。
【问题讨论】：
标签： c++ multidimensional-array dynamic-data hdf5