【发布时间】:2025-12-26 01:50:11
【问题描述】:
我正在将一些主要使用数字数据(即双精度数)的代码转换为整数,并进行了快速基准测试以查看我获得了多少效率。
令我惊讶的是,它变慢了……大约 20%。我以为我做错了什么,但原始代码只是对中等大小向量的一些基本算术运算,所以我知道不是这样。也许我的环境搞砸了?我重新开始,结果还是一样...整数效率较低。
这开始了一系列测试,并开始潜入兔子洞。这是我的第一个测试。我们使用基本 R 的sum 对一百万个元素求和。请注意,对于 R 版本 3.5.0,时间安排有很大不同,而对于 v 3.5.1,时间安排大致相同(仍然不是人们所期望的):
set.seed(123)
int1e6 <- sample(1:10, 1e6, TRUE)
dbl1e6 <- runif(1e6, 1, 10)
head(int1e6)
# [1] 5 3 6 8 6 2
class(int1e6)
# [1] "integer"
head(dbl1e6)
# [1] 5.060628 2.291397 2.992889 5.299649 5.217105 9.769613
class(dbl1e6)
#[1] "numeric"
mean(dbl1e6)
# [1] 5.502034
mean(int1e6)
# [1] 5.505185
## R 3.5.0
library(microbenchmark)
microbenchmark(intSum = sum(int1e6), dblSum = sum(dbl1e6), times = 1000)
Unit: microseconds
expr min lq mean median uq max neval
intSum 1033.677 1043.991 1147.9711 1111.438 1200.725 2723.834 1000
dblSum 817.719 835.486 945.6553 890.529 998.946 2736.024 1000
## R 3.5.1
Unit: microseconds
expr min lq mean median uq max neval
intSum 836.243 877.7655 966.4443 950.1525 997.9025 2077.257 1000
dblSum 866.939 904.7945 1015.3445 986.4770 1046.4120 2541.828 1000
class(sum(int1e6))
# [1] "integer"
class(sum(dbl1e6))
#[1] "numeric"
从这里开始,版本 3.5.0 和 3.5.1 给出几乎相同的结果。
这是我们第一次深入了解rabbit hole。连同sum 的文档(参见?sum),我们看到sum 只是一个通过standardGeneric 调度的通用函数。深入挖掘,我们看到它最终在第 516 行调用了R_execMethodhere。这就是我迷路的地方。在我看来,就像 R_execClosure 被称为 next 后跟许多不同的可能分支。我认为标准路径是接下来调用eval,但我不确定。我的猜测是,最终,在arithimetic.c 中调用了一个函数,但我找不到任何专门对数字向量求和的东西。无论哪种方式,基于我对方法调度和C 的有限知识,我的天真假设是调用了如下所示的函数:
template <typename T>
T sum(vector<T> x) {
T mySum = 0;
for (std::size_t i = 0; i < x.size(); ++i)
mySum += x[i];
return mySum;
}
我知道C 中没有函数重载或向量,但你明白我的意思。我的信念是,最终,一堆相同类型的元素被添加到相同类型的元素中并最终返回。在Rcpp 中,我们会有类似的内容:
template <typename typeReturn, typename typeRcpp>
typeReturn sumRcpp(typeRcpp x) {
typeReturn mySum = 0;
unsigned long int mySize = x.size();
for (std::size_t i = 0; i < mySize; ++i)
mySum += x[i];
return mySum;
}
// [[Rcpp::export]]
SEXP mySumTest(SEXP Rx) {
switch(TYPEOF(Rx)) {
case INTSXP: {
IntegerVector xInt = as<IntegerVector>(Rx);
int resInt = sumRcpp<int>(xInt);
return wrap(resInt);
}
case REALSXP: {
NumericVector xNum = as<NumericVector>(Rx);
double resDbl = sumRcpp<double>(xNum);
return wrap(resDbl);
}
default: {
Rcpp::stop("Only integers and numerics are supported");
}
}
}
而基准测试证实了我对整数继承效率优势的正常想法:
microbenchmark(mySumTest(int1e6), mySumTest(dbl1e6))
Unit: microseconds
expr min lq mean median uq max neval
mySumTest(int1e6) 103.455 160.776 185.2529 180.2505 200.3245 326.950 100
mySumTest(dbl1e6) 1160.501 1166.032 1278.1622 1233.1575 1347.1660 1644.494 100
二元运算符
这让我进一步思考。也许正是 standardGeneric 的复杂性使得不同数据类型的行为奇怪。所以,让我们跳过所有的爵士乐,直接进入二元运算符 (+, -, *, /, %/%)
set.seed(321)
int1e6Two <- sample(1:10, 1e6, TRUE)
dbl1e6Two <- runif(1e6, 1, 10)
## addition
microbenchmark(intPlus = int1e6 + int1e6Two,
dblPlus = dbl1e6 + dbl1e6Two, times = 1000)
Unit: milliseconds
expr min lq mean median uq max neval
intPlus 2.531220 3.214673 3.970903 3.401631 3.668878 82.11871 1000
dblPlus 1.299004 2.045720 3.074367 2.139489 2.275697 69.89538 1000
## subtraction
microbenchmark(intSub = int1e6 - int1e6Two,
dblSub = dbl1e6 - dbl1e6Two, times = 1000)
Unit: milliseconds
expr min lq mean median uq max neval
intSub 2.280881 2.985491 3.748759 3.166262 3.379755 79.03561 1000
dblSub 1.302704 2.107817 3.252457 2.208293 2.382188 70.24451 1000
## multiplication
microbenchmark(intMult = int1e6 * int1e6Two,
dblMult = dbl1e6 * dbl1e6Two, times = 1000)
Unit: milliseconds
expr min lq mean median uq max neval
intMult 2.913680 3.573557 4.380174 3.772987 4.077219 74.95485 1000
dblMult 1.303688 2.020221 3.078500 2.119648 2.299145 10.86589 1000
## division
microbenchmark(intDiv = int1e6 %/% int1e6Two,
dblDiv = dbl1e6 / dbl1e6Two, times = 1000)
Unit: milliseconds
expr min lq mean median uq max neval
intDiv 2.892297 3.210666 3.720360 3.228242 3.373456 62.12020 1000
dblDiv 1.228171 1.809902 2.558428 1.842272 1.990067 64.82425 1000
类也被保留:
unique(c(class(int1e6 + int1e6Two), class(int1e6 - int1e6Two),
class(int1e6 * int1e6Two), class(int1e6 %/% int1e6Two)))
# [1] "integer"
unique(c(class(dbl1e6 + dbl1e6Two), class(dbl1e6 - dbl1e6Two),
class(dbl1e6 * dbl1e6Two), class(dbl1e6 / dbl1e6Two)))
# [1] "numeric"
在每种情况下,我们看到算术在数值数据类型上的速度提高了 40% - 70%。真正奇怪的是,当被操作的两个向量相同时,我们会得到更大的差异:
microbenchmark(intPlus = int1e6 + int1e6,
dblPlus = dbl1e6 + dbl1e6, times = 1000)
Unit: microseconds
expr min lq mean median uq max neval
intPlus 2522.774 3148.464 3894.723 3304.189 3531.310 73354.97 1000
dblPlus 977.892 1703.865 2710.602 1767.801 1886.648 77738.47 1000
microbenchmark(intSub = int1e6 - int1e6,
dblSub = dbl1e6 - dbl1e6, times = 1000)
Unit: microseconds
expr min lq mean median uq max neval
intSub 2236.225 2854.068 3467.062 2994.091 3214.953 11202.06 1000
dblSub 893.819 1658.032 2789.087 1730.981 1873.899 74034.62 1000
microbenchmark(intMult = int1e6 * int1e6,
dblMult = dbl1e6 * dbl1e6, times = 1000)
Unit: microseconds
expr min lq mean median uq max neval
intMult 2852.285 3476.700 4222.726 3658.599 3926.264 78026.18 1000
dblMult 973.640 1679.887 2638.551 1754.488 1875.058 10866.52 1000
microbenchmark(intDiv = int1e6 %/% int1e6,
dblDiv = dbl1e6 / dbl1e6, times = 1000)
Unit: microseconds
expr min lq mean median uq max neval
intDiv 2879.608 3355.015 4052.564 3531.762 3797.715 11781.39 1000
dblDiv 945.519 1627.203 2706.435 1701.512 1829.869 72215.51 1000
unique(c(class(int1e6 + int1e6), class(int1e6 - int1e6),
class(int1e6 * int1e6), class(int1e6 %/% int1e6)))
# [1] "integer"
unique(c(class(dbl1e6 + dbl1e6), class(dbl1e6 - dbl1e6),
class(dbl1e6 * dbl1e6), class(dbl1e6 / dbl1e6)))
# [1] "numeric"
每种运算符类型几乎都增加了 100%!!!
如何在基础 R 中使用常规 for 循环?
funInt <- function(v) {
mySumInt <- 0L
for (element in v)
mySumInt <- mySumInt + element
mySumInt
}
funDbl <- function(v) {
mySumDbl <- 0
for (element in v)
mySumDbl <- mySumDbl + element
mySumDbl
}
microbenchmark(funInt(int1e6), funDbl(dbl1e6))
Unit: milliseconds
expr min lq mean median uq max neval
funInt(int1e6) 25.44143 25.75075 26.81548 26.09486 27.60330 32.29436 100
funDbl(dbl1e6) 24.48309 24.82219 25.68922 25.13742 26.49816 29.36190 100
class(funInt(int1e6))
# [1] "integer"
class(funDbl(dbl1e6))
# [1] "numeric"
这种差异并不令人惊讶,但仍然有人会期望整数和优于双倍和。我真的不知道该怎么想。
所以我的问题是:
为什么数字数据类型在基本 R 中的基本算术运算上优于整数数据类型?
编辑。忘了说这个:
sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.6
【问题讨论】:
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我不确定应该应用哪些标签。如果有人认为标签应该不同,请随时更新。
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可能是因为它需要检查整数溢出? (随机猜测)
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@F.Privé,这是一个很好的观点......我会做一些挖掘,看看是否是这样
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在 CentOS 7、R 3.5.0 上,第一个基准测试的 int 中位数为 675,double 中位数为 1022。
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@F.Privé,我刚刚添加了我的会话信息。你测试过二元运算符吗?
标签: c++ c r performance rcpp