如何正确地将 RGB 图像转换为漂亮的格式？答案

【问题标题】：How to correctly convert RGB images into nifty format?如何正确地将 RGB 图像转换为漂亮的格式？
【发布时间】：2021-11-09 18:12:41
【问题描述】：

我有 RGB 图像，我将其作为 numpy 数组加载。我想将这些图像转换成漂亮的格式，我可以使用 ITK-SNAP (http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php) 打开。

这是我尝试做的：

import nibabel as nib 
import numpy as np

x = load_jpg_image(filename='input.jpg')  # --> x is a numpy array containing the RGB image with shape (128, 128, 3) 
img = nib.Nifti1Image(x, eye(4)) 
nib.save(img, filename='output.nii')

但是，ITK-SNAP 将 output.nii 解释为 3D 灰度体积而不是 RGB 图像。对我来说，ITK-SNAP 似乎应该能够处理 RGB 数据（see this）；但是，我不明白我应该如何保存img 才能实现这一点。我正在使用 ITK-SNAP 3.6.0。

【问题讨论】：

标签： python python-3.x rgb nifti nibabel

【解决方案1】：

不幸的是，NIfTI 从未真正过度开发用于 RGB 图像。您可以在最新的NIfTI2 spec 中看到，定义了 RGB 和 RGBA 体素类型（RGB 每个像素 3 个字节，RGBA 4 个字节），但我不知道有任何工具可以处理这些图像。

与您的情况不同的是，图像的尺寸是像素数，颜色通道在像素内。看起来 ITK-snap 正确显示彩色 NIfTI 图像from version 2 - 我猜他们遵循这种格式。

【讨论】：

【解决方案2】：

您似乎可以通过将它们转换为自定义 dtype 来创建 RGB 图像：

import nibabel as nib 
import numpy as np

RGB_DTYPE = np.dtype([('R', 'u1'), ('G', 'u1'), ('B', 'u1')])

x = load_jpg_image(filename='input.jpg')  # --> x is a numpy array containing the RGB image with shape (128, 128, 3) 

# cast to custom type:
x = x.copy().view(dtype=RGB_DTYPE)  # copy used to force fresh internal structure

img = nib.Nifti1Image(x, eye(4)) 
nib.save(img, filename='output.nii')

ITK-SNAP 可以通过右键单击左侧面板上的图像名称并选择选项：Multi-Component Display -> RGB 来处理此类图像。

【讨论】：