“注销” doParallel 集群答案

【问题标题】："un-register" a doParallel cluster“注销” doParallel 集群
【发布时间】：2014-09-25 16:33:46
【问题描述】：

如果我在没有注册集群的情况下运行foreach... %dopar%，foreach 会引发警告，并按顺序执行代码：

library("doParallel")
foreach(i=1:3) %dopar%
  sqrt(i)

产量：

Warning message:
executing %dopar% sequentially: no parallel backend registered

但是，如果我在启动、注册和停止集群后运行相同的代码，它会失败：

cl <- makeCluster(2)
registerDoParallel(cl)
stopCluster(cl)
rm(cl)
foreach(i=1:3) %dopar%
  sqrt(i)

产量：

Error in summary.connection(connection) : invalid connection

有没有registerDoParallel() 的反义词可以清理集群注册？还是在我重新启动 R 会话之前，我是否被旧集群的幽灵所困扰？

/edit：一些谷歌搜索揭示了bumphunter Biocondoctor 包中的bumphunter:::foreachCleanup() 函数：

function () 
{
    if (exists(".revoDoParCluster", where = doParallel:::.options)) {
        if (!is.null(doParallel:::.options$.revoDoParCluster)) 
            stopCluster(doParallel:::.options$.revoDoParCluster)
        remove(".revoDoParCluster", envir = doParallel:::.options)
    }
}
<environment: namespace:bumphunter>

但是，这个功能似乎并不能解决问题。

library(bumphunter)
cl <- makeCluster(2)
registerDoParallel(cl)
stopCluster(cl)
rm(cl)
bumphunter:::foreachCleanup()
foreach(i=1:3) %dopar%
  sqrt(i)

foreach 将注册集群的信息保存在哪里？

【问题讨论】：

你不应该在 foreach() 操作之后使用 stopCluster(cl) 吗？叉子应该关闭，不需要删除 cl 对象。
@Patrick McCarthy 通常你会这样做，是的。关键是，fork 关闭后，foreach 仍在寻找停止的集群。
也许我没有正确地关注你。预期的行为是在集群停止后运行foreach，或者违背您的意愿集群在foreach 完成之前提前停止，或者其他什么？重读，您希望它运行，但在集群停止的情况下会出现警告？
@Patrick McCarthy 我想返回到 foreach 运行并显示警告，而不是在取消注册集群后出现错误。

标签： r parallel-processing parallel-foreach

【解决方案1】：

“注销”foreach 后端的唯一官方方法是注册顺序后端：

registerDoSEQ()

这对我来说很有意义，因为您应该声明要使用哪个后端，所以我认为提供一种“取消声明”要使用哪个后端的方法没有任何意义。相反，您声明要使用默认的顺序后端。

我最初考虑包含一个“取消注册”功能，但由于我无法说服自己它有用，所以我决定将其省略，因为添加功能比删除功能要容易得多。

话虽如此，我认为您需要做的就是从 foreach:::.foreachGlobals 中删除所有变量，这是 foreach 保留其所有状态的位置：

unregister <- function() {
  env <- foreach:::.foreachGlobals
  rm(list=ls(name=env), pos=env)
}

调用此函数后，任何并行后端将被注销，如果调用%dopar%，将再次发出警告。

【讨论】：

也许为registerDoSeq 添加别名-> unregister 会是要走的路吗？
完美，这就是我想要的。谢谢。
这是一个很好的解决方案，因为我已经处理这个问题近两年没有找到解决方案。但是，我确实有一个问题，如果我注册了这个函数，我是在运行 foreach 循环之前单独在一行中运行“unregister”，还是将它放入甚至在循环之后？谢谢！

【解决方案2】：

    cl <- makeCluster(2)
    registerDoParallel(cl)
    on.exit(stopCluster(cl))

这对我来说很好。

【讨论】：

如果你运行stopCluster(cl)然后尝试运行%dopar%，它会失败。你需要先运行registerDoSEQ()。
我猜 on.exit() 会处理它。
on.exit() 仅在使用 registerDoParallel(cl) 注册的并行后端完成 %dopar% 后才执行 stopClusters(cl)
on.exit() 基本上意味着stopCluster 在您的会话期间永远不会被调用。我需要一种方法来停止集群然后继续运行%dopar% 代码