R epiDisplay 软件包和其他流行病学软件包不适用于调查加权 glm？答案

【问题标题】：R epiDisplay package and other epidemiology packages not working with survey weighted glm?R epiDisplay 软件包和其他流行病学软件包不适用于调查加权 glm？
【发布时间】：2020-01-27 11:23:25
【问题描述】：

我正在使用 R Studio，并且拥有来自使用分层、权重和嵌套的调查的数据。因此，我使用library(survey) 设置了一个svydesign，然后使用svyglm 使用所述svydesign 完成所需的逻辑回归（保存为输出2）。

当我尝试在 R 上使用 library(epiDisplay) 或任何其他流行病学软件包时，我收到以下错误：

logistic.display(输出2) logistic.display(output2) 中的错误：模型不是来自逻辑回归

对于使用 glm 而不是 svyglm 的回归结果，该包可以正常工作。我如何结合我的调查设计并仍然获得流行病学结果？有没有可以两者兼得的软件包？

编辑

一个包含免费数据的示例（纯粹用于示例目的）：NHANES 2011-2012 溴化阻燃剂 (BFRs) - 血清 - 混合样品 (BFRPOL_G)。

可在此处下载：https://wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2011-2012/BFRPOL_G.XPT

下载后，设置库（调查），创建

    BROM <- svydesign(id =new$SDMVPSU, strata = new$SDMVSTRA, weights = 
    new$WTSMSMPA, nest = TRUE, data = BFRPOL_G)

现在（一个毫无意义的）回归，但它仍然证明了问题：

output2<-svyglm(RIAGENDR~RIGAGGRP+LBDBR66C, family = binomial, data=BFRPOL_G, design = BROM, maxit=100)

library(epiDisplay)
logistic.display(output2)

结果？

> logistic.display(output2)
> Error in logistic.display(output2) : Model not from logistic regression

这里还有另一个 Stack Exchange 问题/答案（Edward 提供的页面底部）：https://stats.stackexchange.com/questions/8661/logistic-regression-in-r-odds-ratio，它显示了 EpiDesign 包可以如何简洁地显示结果。

通过逻辑回归，它可以提供粗略的 OR & 95% CI、调整后的 OR & 95% CI、Wald 检验和 LR 检验。它还显示了观察次数和 AIC。

如果没有这个包，我不知道如何从我的回归中获取所有这些信息。还有其他流行病学图书馆，但我不知道有哪一个可以让我纳入调查权重/设计。

【问题讨论】：

您到底想得到什么？另外，请使用dput() 包含一些示例数据。
我提供了一个免费示例数据的链接，可以重现问题。我不确定在这种情况下 dput() 是什么，但回归虽然在科学上毫无意义，但会告诉你我对回归结果的意思。

标签： r glm survey

【解决方案1】：

logistic.display里面的代码有

    if (length(class(model)) == 1) {
        stop("Model not from logistic regression")
    }
    if (class(model)[1] != "glm" | class(model)[2] != "lm" | 
        model$family$family != "binomial") {
        stop("Model not from logistic regression")
    }

所以它故意排除了仅从glm 继承的对象。您可能需要联系epiDisplay 包作者——这可能是该函数本质上不能用于具有抽样权重的逻辑回归，或者可能是作者没有足够的想象力。

【讨论】：